日本安全卫生科研机构有直属政府的机构，如独立行政法人产业安全研究所和产业医学综合研究所；有政府认定、应政府委托或代替政府开展活动的机构，如劳动卫生检测中心、日本作业环境测定协会；有民间机构，如财团法人日本劳动研究所等。这些机构中，有些是为政府部门制定或修改劳动安全卫生法令、标准提供有关研究报告，作为政府制定有关方针政策参考；有些从事事故调研活动；有些向社会或企业提供各种服务；有些开展国内宣传教育和国际交流合作活动。他们为减少和预防各种事故和职业病，提高安全卫生水平作出了巨大贡献。
产业安全研究所
产业安全研究所始建于1942年，是厚生劳动省下属的具有独立行政法人资格的安全研究机构，是日本防止事故的主要研究机构。
主要职能
该所为防止生产事故，对各种事故现象的原因及事故预防技术的开发，开展广泛的研究。尤其把重点放在政府要求的重大事故的预防上。例如伴随机械设备大型化而发生的各种事故、化工设备发生的爆炸事故、建筑工地发生的倒塌坍塌事故等，并根据机器人等自动控制系统的失控事故和老龄工人的作业行动事故等事故动向，积极开展系统工程、控制工程、人机工程等新领域的研究。另外，当研究课题需要时，或受政府委托，在劳动安全监察监督机关的协助下，还要开展事故原因调查。研究所的研究成果被作为政府制定或修改劳动安全卫生法令、标准、技术指南的参考及有关部门进行事故原因调查和监察指导的技术依据。
部门设置
该所下设总务科、研究规划协调部和研究部三个部门。研究部包括：
1．机械系统安全研究组。以防止机械设备引起的各种机械事故为目的，开展结构材料强度的评价、自动化设备故障防护技术的开发、安全人机系统的开发等方面的研究，并致力于老化预测技术的开发和利用人工智能等技术，实现设备安全化尖端研究。目前的主要课题有有关防止机械、构造物损伤的研究，有关起重、建设机械安全化的研究，有关机械设备安全化的研究，有关人机系统安全化的研究等。
2．建设安全研究组。为防止建设工地发生伤亡事故，开展各种临时构筑物稳定性的评价、防止坍塌技术的开发、塌方发生原因的分析和坍塌预测技术的开发、对作业人员坠落跌倒的工程学分析和防止技术的开发、施工法安全性的评价等方面的研究。目前的主要课题有有关防止临时构造物倒塌的研究，有关挖掘施工安全化的研究，有关防止跌倒、坠落事故的研究，有关施工方法安全性评价的研究等。
3．化学安全研究组。以防止因化学品引起的各种事故为目的，除开展物质危险性的测定和评价、可燃性气体和粉体爆炸现象的分析与防治对策的研究外，还适应时代的需求，开展新物质和工程危险性的预测和分析及事故防治对策等方面的研究。目前的主要研究课题有有关化学品着火、分解危险性的研究，关于气体、蒸汽危险性的研究，关于粉尘着火、爆炸危险性的研究，关于化学反应过程危险性的研究等。
4．物理工程学安全研究组。以防止因电、热等物理因素引发的伤亡事故为目的，开展静电着火现象的分析和防带电技术的开发、防止因电磁干扰引起电子装置和系统误动作技术的开发、触电危险性的分析及防止技术的开发、电绝缘材料老化原因的分析和老化诊断技术的开发以及电子、电气技术应用于安全生产的研究等。目前的主要课题有有关防止静电事故和危害的研究，防止电磁干扰引发电子仪器、设备误动作，防止电气设备、器具引起的事故和危害，电子、电气技术应用于生产安全等。
5．边缘领域、人机科学安全研究组。主要开展有关伤亡事故统计分析研究，人为因素的研究，信息处理技术的研究等方面共通的、跨学科的、边缘的课题研究。目前主要课题有伤亡事故统计研究，安全文化的研究，有关改进坠落防护器具的研究，有关联络失误的研究，利用模拟试验的认知心理学研究，利用信息技术的作业环境安全化等。
产业医学综合研究所
日本政府于1947年实施《劳动基准法》以后，日本的劳动卫生虽然有了显著发展，但随着科学技术的进步，劳动环境和作业方法发生很大变化，从而对工人身体健康造成越来越多的危害。劳动省为了对劳动卫生方面存在的问题进行科学的调查研究，于1956年4月成立附属的劳动卫生研究所。
劳动卫生研究所把研究重点放在职业病的预防上，尤其是在劳动环境与人的关系中把握职业病的研究，注重工业卫生工程的研究以及作业形态变化引起的肉体、精神影响的研究，努力为改善劳动条件做出贡献。
但随着科学技术进步和国民经济的发展，工业生产发生显著变化，机器和环境等方面危害人的健康的因素越来越多。另一方面，中老年工人、女工和先天有障碍或残疾工人比例增长迅速，这就需要扩大工业医学的研究对象。而由各种化学物质导致的职业癌问题也要求防治对象不仅包括在岗工人，还包括已离岗的工人。对工作环境的改善，也强调不仅是消除有害因素，还应考虑工人的福利，应形成舒适的工作环境。
根据以上情况及各方面提出的应从医学角度综合研究工人的健康、疾病、功能性障碍的要求，劳动省从1969年开始呼吁成立有关工业医学的新的综合研究机构。
1976年国会通过了《劳动省设置法》修正案，成立了旨在开展保持和增进工人健康以及有关职业病的病因、诊断、预防等方面综合调研的产业医学综合研究所。2001年机构改革后，成为附属于厚生劳动省的独立行政法人。
主要职能
产业医学综合研究所在增进工人健康、职业病诊断、预防等方面开展综合调查研究。研究成果被应用于制定劳动卫生法规、标准和为劳动厚生省制定有关方针政策服务等。
其主要研究工作如下：
1．适应作业形态变化的作业管理的研究
对于技术革新带来的生产过程的机械化、自动化、需高度精神紧张的监视作业：调控温度、湿度、照明的作业环境的增加、弹性工作时间制的普及等变化的作业形态，为保证工人健康，需切合实际的作业管理，因而对各种劳动负担的评价方法、负担减轻方法、负担与疾病的关系开展研究，开发作业管理的具体方法。
2．老龄工人和女工劳动能力和作业适应性的研究
随着人口结构的变化，今后老龄人就业将进一步增多；由于男女就业机会平等，妇女就业也将增加。但是，过去的工作环境大多是以一定年龄段的男工为前提设计的。因此，为使老年人和妇女在工作场所也能充分发挥能力，研究所证明了这些人群的生理功能和劳动能力，并把研究成果作为创造舒适工作环境所需的技术信息加以提供。
3．预防有害化学品危害健康的研究
虽然有机溶剂等化学品引起的职业病逐年减少，但对接触这些化学品的工人进行的特殊体检结果显示，患者有增加趋势。因此，研究所对这些有害化学品的吸入途径、代谢过程、体内毒性等展开综合研究，以实现已知职业病的完全预防和对今后可能发生的危害防患于未然。
4．早期发现健康影响和有害因素感受性个体差异的研究
作业环境改善后，有害化学品的暴露越来越少，对工人造成的职业危害，须在较轻度影响健康阶段发现。因此，研究所努力开发检测方法，在尿、血液中测定有害化学物质的暴露指标和影响健康指标的物质，尽早发现影响健康的因素，并开展对有害化学品遗传感受性个体差异的研究。
5．化学物质及物理因素的有害性预测和评估
新化学品进入工厂使用前必须进行有害性评估，已经在工厂使用的化学品，如果怀疑存在过去尚不知道的危害时，必须重新评估其有害性。因此，研究所利用细胞培养、实验动物、机体试料等开展有害性甄别试验，并根据需要开展流行病学调查，预测和评估化学品有害性。
6．作业环境中有害因素的检测方法和作业环境评估
室内作业如存在暴露的有害化学物质或物理因素，必须定期实施作业环境监测和评估，以防止对工人健康的危害。在作业现场实施作业环境监测，需开发和普及有效且简便的检测方法，因此，研究所进行从有害化学品的状态分析、物理性分析等基础研究，到具体检测技术开发的广泛的研究，为检测标准和检测指南的制定做出贡献。
7．有关作业环境、作业机器的人机工程学及工业卫生工程学对策
一部分职业病是由物理因素引起的。为了预防这些职业病，研究所以人机工程学的观点对作为有害因素发生源的作业机器、工具的物理特性或者防止暴露的护具的物理特性是否符合工人生理特性进行评估，还对从作业环境中排除有害化学物质的局部通风装置等工程对策进行调研，以实现人机和相关环境的综合性改善与舒适化。
8．测试呼吸保护装置
对有害气体面具和粉尘呼吸器进行测试，使呼吸器在使用前得到国家的测试批准。
主要机构
1．总务科：有关人事、财务、财产管理等。
2．计划协调部：与厚生劳动省劳动基准局安全卫生部及有关研究机构协作，根据劳动卫生行政工作需求，调研业务及相关研究业务的计划及综合协调，劳动卫生信息的收集和提供。
3．作业条件适应部：有关工作时间、作业的困难度伴随作业的精神负荷对健康影响的调研，创建舒适工作环境所需的心理学、生理学调研。
4．健康危害预防研究部：职业病病因的调研，职业病早期发现所需检查指标的开发，实验动物的饲养及其他管理。
5．有害性评估研究部：开发评估化学物质或物理因素有害性的简便、高精度的检查方法，是否存在有害因素危害健康的调研。
6．作业环境监测研究部：开发准确判断暴露于作业中的有害化学物质量的方法，有关预测作业环境中可能发生的有害化学物质的调研。
7．人机工程学特性研究部：使工人使用的机械、器具、装置及护具适合解剖学或生理学特性的调研，以工程方法消除环境中有害物质的调研。
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