为确保次级河流水环境安全，近年来，在市委、市政府的高度重视下，我市结合《三峡库区及其上游水污染防治规划（修订本）》的实施，切实加大了次级河流污染的整治力度并取得成效。
一是加强指导。2004年，市政府办公厅印发了《关于加快推进我市次级河流水污染综合整治工作的意见的通知》，市环保局专门印发了《次级河流水污染综合整治规划编制导则》对各区县次级河流综合整治的前期工作给予指导。
二是加快推进次级河流综合整治。2005年8月，我市编制了《重庆市“碧水行动”实施方案》在全市全面实施了“碧水行动”。2008年，市政府印发了《重庆市三峡库区及其上游水污染防治规划（修订本）实施方案的通知》，进一步推进了次级河流试点项目及水环境项目的实施进度。2009年2月，为积极应对国家拉动内需的新政策，市环委员会三届二次全体会议原则通过了《关于加快次级河流综合整治和水环境项目建设实施意见》，对主城区污染较重的11条次级河流明确了市级部门和区县政府责任，提出了项目前期工作、项目开工时间和项目推进及水质“双目标”考核等要求，将进一步促进主城区次级河流的综合整治。
三是规范畜禽养殖和控制面源污染。市农委会同市环保局、市市政委下发了《关于加强畜禽养殖场污染整治的意见》，开展了畜禽限养区、适养区内畜禽养殖场综合治理，启动了梁滩河流域畜禽养殖污染治理。加强主城次级河流农村面源污染防治，积极推广生态家园富民工程，促进了绿色农业发展。
四是加大工业企业污染治理和管理的力度，继续对现有不符合环保要求的企业进行分类处理，做到“关闭一批、迁建一批、整改一批”，确保达标排放。我市纳入《规划（修订本）》中的86个工业污染治理项目，目前已全部完成可研报告的编制，其中76个项目完成可研审查并上报国家发改委，国家已下达其中8个项目的投资计划，核准复函同意项目数26个，其中部分项目已开工建设。
五是推进小城镇污水处理厂和城市三级管网建设力度，2008年主城排水三级管网改造工程超额完成100公里的年度目标任务，城市生活污水集中处理率进一步提高。小城镇污水处理厂建设的前期工作全面展开。
六是严格项目准入条件，严格执行环境评价审批制度和环保“三同时”制度，强化预防监管，防止对水质有严重影响的新污染源进入小流域。
七是加强执法监管。近年来，市环保局开展了造纸、碳酸锶、电镀污染的专项整治，开展环境执法专项行动，有效控制了工业污染，促进了部分流域水质的改善。
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