在现代农业发展的过程中，化肥、农药、农膜等的大量应用显著提高了粮食产量。然而，各种农用化学物的过量使用，又造成了严重的农业面源污染，给可持续发展带来巨大压力。推动农村经济社会又好又快发展，必须有效防治农业面源污染。
农业面源污染主要来自化肥、农药、农膜、畜禽养殖、农村生活污水及废弃物等。目前，我国是世界上使用化肥、农药最多的国家之一。对太湖、巢湖、滇池富营养化的成因分析表明，造成水体富营养化的污染源主要来自生活污水和农田氮、磷流失。农业面源污染物越来越成为导致江河湖泊富营养化的主要原因。此外，农药、农膜、畜禽养殖、生活污水及废弃物等导致的其他污染问题也十分严重。可见，有效防治农业面源污染，已成为关系人民健康和可持续发展的大事。为此，应重点抓好以下工作。
制定农业面源污染防治国家方案。积极借鉴国外成功经验，紧密结合我国实际，着手论证起草我国农业面源污染防治国家方案，明确农业面源污染防治工作的指导原则、基本思路和工作重点。在制定方案时，应深入贯彻落实科学发展观，充分体现以人为本、全面协调可持续发展的要求，坚持城乡环保统筹防治、优先发展绿色农业等原则。在实施步骤和方式上，可因地制宜、重点推进，局部试验、全面推广。
实施环保农业财政补贴政策。欧美发达国家的经验告诉我们，单纯的农业补贴政策只会加剧农业面源污染，无法实现农业可持续发展。国内研究也表明，我国目前的农业补贴政策虽然极大地调动了广大农民的种粮积极性，促进了粮食生产和农民增收，但由于农业补贴与环保脱节，不利于防治农业面源污染。因此，应实施环保农业财政补贴政策，把农业环保生产作为财政补贴的硬性指标纳入财政支农体系之中，并建立科学可行的考核程序，使农业财政补贴不仅有利于农业增产、农民增收，而且有利于防治农业面源污染。
大力发展替代性环保农业投入品。为追求农业高产和生产方便，很多农民形成了依赖化肥和农药的生产习惯，对农家肥、有机肥、生物肥、生物农药等环保农业生产资料不愿接受和使用，加之相关政策措施不配套，导致环保农资产业难以发展。而在欧美发达农业国家，环保农资的使用量已达50%以上。应从财政、金融、税收等方面大力扶持发展高效新型环保农业投入品，使农民有条件、有动力选择环保农业投入品；大力推广新型农业投入品和先进实用技术，促进农业面源污染的有效防治。
研究制定农业环保生产促进法。在制定实施环保农业生产政策和总结实践经验的基础上，研究制定农业环保生产促进法，把成熟的政策和制度上升为法律，以法制来规范和促进我国农业的环保生产，为防治农业面源污染提供保障。
建立农业面源污染防治国际合作长效机制。在经济全球化的今天，农业面源污染问题已成为全球性环保难题。发达国家在农业面源污染防治方面取得了比较成功的经验，值得我们学习和借鉴。应加强与国际上关心、支持我国农业面源污染防治工作的国家、组织和人士的合作，建立防治农业面源污染的国际合作长效机制。
倡导农业环保生产行为。为实现农业环保生产营造良好的社会氛围，在全社会大力宣传农业环保生产，提高全民特别是广大农民和生产企业的环保生产意识，使防治农业面源污染、建设生态文明成为人们的自觉行动。
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