随着三峡工程175米蓄水，三峡水库转入后续管理阶段，三峡库区的环境保护成为全国重点流域环境保护的重中之重。近年来，重庆市积极探索健全完善三峡库区水环境保护长效机制，三峡库区环境保护工作取得积极成效，库区水质经受住了蓄水以来的时间考验。
一是大力推进环境基础设施建设。在国家的支持下，重庆市生活污染治理项目建设进度加快。到2009年底，全市已累计建成94个生活污水处理厂（含分散型小城镇污水处理厂）和48座垃圾处理场，全市城市生活污水集中处理率和生活垃圾处理无害化处理率分别达到79%和89%，其中库区已分别达到84%和94%，远高于全国平均水平。
二是不断加大库区工业污染防治力度。制定了《工业项目环境准入规定》，防止有重大环境风险项目进入库区，引导工业企业向工业园区集中，坚持集中控制工业污染、集中防范工业项目环境风险。完成了淹没工矿企业搬迁调整任务，完成了主城区66户企业环保搬迁。开展造纸、电镀、电解锰、碳酸锶等行业的专项整治，强化了化工行业环境安全检查。
三是切实加强库区饮用水源保护。近年来，重庆市每年都将饮用水源保护列为市委、市政府“民心工程”，予以重点推进。清理了饮用水源保护区范围的所有工业污染源、市政排污口和餐饮娱乐船，完成了全市500人以上集中式饮用水源保护区的划定工作。禁止在三峡库区水体水域进行网箱、网栏养殖，开展了三峡库区水产养殖专项执法行动。
四是认真做好库底固体废物清理和漂浮物清捞。圆满完成三峡库区二、三、四期库底固体废物的清理，清理处置生活垃圾306万吨，清理处置一般工业固废260万吨，清理危险废物1.9万吨，清理处置废放射源18枚。三峡水库蓄水以来，我市财政累计安排清漂经费1.46亿元，配备31艘机械化清漂船和27辆垃圾压缩式运输车，清理漂浮垃圾58万余吨。尤其是三峡工程175米试验性蓄水期间，全市组织了“万人清漂大突击活动”，2个月清理漂浮物10万余吨，缓解了三峡坝前清漂压力，确保了库区蓄水的安全和水域的清洁。
五是努力积极推进次级河流污染综合整治。完成了主城区桃花溪流域综合整治工作，水环境质量显著改善。列入《三峡库区及其上游水污染防治规划（修订本）》（以下简称《规划修订本》）的8条示范项目，有2条（苎溪河和梁滩河）开工建设，2条（濑溪河、桃花河）已上报国家发改委审查概算，其余4条正在开展前期工作。
六是扎实开展库区船舶污染治理。新建造船舶全部安装了生活污水处理装置，老船舶分期分批实施治理。在主城、万州、巫山等主要客运港区设置了固体垃圾接收船舶，库区30马力以上的运输船舶按要求配备了油水分离设备和污油水储存装置,约600艘船舶安装了一体化生化处理装置。
七是深入开展农村面源污染防治。近年来，三峡库区累计投入4.76亿元，发展农村户用沼气53.14万户，库区农村户用沼气占库区总农户的15.5%，建成畜禽养殖场沼气工程550处，促进畜禽粪污的资源化利用和无害化处理，形成了能源生态型和能源环保型等多种养殖场污染治理模式。加强生态农业建设，推广实施测土配方施肥，库区生态农业试点示范区县建设扩大到15个。
八是推进实施消落带生态环境保护。开展了消落带环境问题研究，启动了开县水位调节坝工程、奉节朱衣河胡家坝消落带环境综合整治工程、巫山小三峡生态保护项目、巫溪王家河护岸工程等一批消落带生态环境保护试点示范工程，实施了“三峡库区消落带生态恢复与综合整治技术与示范”和“三峡库区水土流失与面源污染控制试验示范”等科技支撑项目，开展了消落区耐淹植物栽培试验。
三峡工程蓄水以来，库区水环境质量总体保持稳定，长江、嘉陵江和乌江重庆段水质满足Ⅱ类断面比例逐年上升。今年上半年，长江、嘉陵江和乌江重庆段8个国控监测断面水质、国控饮用水源地和城镇集中式饮用水源地水质均全部满足水域功能要求;次级河流水质满足水域功能要求的断面比例达到79.6%；长江出境断面水质到达Ⅱ类水质标准，库区水质经受住了蓄水以来的时间考验。
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