物质的毒性, 与其理化性质有很大关系。而物质的理化性质是由化学结构决定的。所以化学结构是物质毒性的决定因素。化学物质的结构和毒性之间的严格关系, 目前还没有完整的规律可言。但是对于部分化合物, 却存在一些类似于规律性的关系。
在有机化合物中, 碳链的长度对毒性有很大影响。饱和脂肪烃类对有机体的麻醉作用随分子中碳原子数的增加而增强, 如戊烷 < 己烷 < 庚烷等。对于醇类的毒性, 高级醇、戊醇、丁醇大于丙醇、乙醇, 但甲醇是例外。在碳链中若以支链取代直链, 则毒性减弱。如异庚烷的麻醉作用比正庚烷小一些, 2-丙醇的毒性比正丙醇小一些。如果碳链首尾相连成环, 则毒性增加, 如环己烷的毒性大于正己烷。
物质分子结构的饱和程度对其生物活性影响很大。不饱和程度越高, 毒性就越大。例如, 二碳烃类的麻醉毒性随不饱和程度的增加而增大, 乙炔 > 乙烯 > 乙烷。丙烯醛和 2-丁烯醛对结膜的刺激性分别大于丙醛和丁醛。环己二烯的毒性大于环己烯, 环己烯的毒性又大于环己烷。
分子结构的对称性和几何异构对毒性都有一定的影响。一般认为, 对称程度越高, 毒性越大。如 1, 2-二氯甲醚的毒性大于 1, 1-二氯甲醚, 1, 2-二氯乙烷的毒性大于 1 , 1-二氯乙烷。
芳香族苯环上的三种异构体的毒性次序, 一般是对位 > 间位 > 邻位。例如, 硝基酚、氯酚、甲苯胺、硝基甲苯、硝基苯胺等的异构体均有此特点。但也有例外, 如邻硝基苯甲醛、邻羟基苯甲醛的毒性都大于其对位异构体。对于几何异构体的毒性, 一般认为顺式异构体的毒性大于反式异构体。如顺丁烯二酸的毒性大于反丁烯二酸。
有机化合物的氢取代基团对毒性有显著影响。脂肪烃中以卤素原子取代氢原子, 芳香烃中以氨基或硝基取代氢原子, 苯胺中以氧、硫、羟基取代氢原子, 毒性都明显增加。如氟代烯烃、氯代烯烃的毒性都大于相应的烯烃, 而四氯化碳的毒性远远高于甲烷, 等等。
在芳香烃中, 苯环上的氢原子若被甲基或乙基取代, 全身毒性减弱, 而对黏膜的刺激性增加; 若被氨基或硝基取代, 则有明显形成高铁血红蛋白的作用。苯乙烯的氯代衍生物的毒性试验指出, 其毒性随氯原子所取代的氢原子数的增加而增加。具有强酸根、氢氰酸根的化合物毒性较大。芳香烃衍生物的毒性大于相同碳原子数的脂肪烃衍生物。而醇、酯、醛类化合物的局部刺激作用则依序增加。
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