日本产业医学综合研究所成立于1976年，该所的宗旨是开展保持和增进工人健康以及有关职业病的病因、诊断、预防等方面的综合调研工作。2001年，该所成为隶属于厚生劳动省的独立法人。
机构设置
计划协调部：与厚生劳动省劳动基准局安全卫生部及有关研究机构协作，根据工作需求，综合协调调研业务及相关研究计划，收集和提供劳动卫生信息。
作业条件适应部：负责有关工作时间、作业难度、伴随作业的精神负荷对健康影响的调研，创建舒适工作环境所需的心理学、生理学调研。
健康危害预防研究部：职业病病因的调研，职业病早期发现所需检查指标的开发，实验动物的饲养及其他管理。
有害性评估研究部：开发评估化学物质或物理因素有害性的简便、高精度的检查方法，是否存在有害因素危害健康的调研。
作业环境监测研究部：开发准确判断暴露于作业中的有害化学物质量的方法，有关预测作业环境中可能发生的有害化学物质的调研。
人机工程学研究部：使工人使用的机械、器具、装置及护具适合解剖学或生理学特性的调研，以工程方法消除环境中有害物质的调研。
研究方向
有害化学品危害健康的预防研究
特殊体检结果显示，接触有机溶剂等化学品的工人患职业病者有增加趋势。对这些有害化学品的吸入途径、代谢过程、体内毒性等展开综合研究，以实现已知职业病的完全预防和对今后可能发生的危害提出预警。
早期发现健康影响和有害因素感受性个体差异的研究
[NextPage]
作业环境改善后，有害化学品的暴露越来越少，对工人造成的职业危害，须在较轻度影响健康阶段发现。因此，研究所努力开发检测方法，在尿、血液中测定有害化学物质的暴露指标和影响健康指标的物质，尽早发现影响健康的因素，并开展对有害化学品遗传感受性个体差异的研究。
适应作业形态变化的作业管理研究
为保证工人健康，需切合实际的作业管理，因而要对各种劳动负担的评价方法、负担减轻方法、负担与疾病的关系开展研究，开发作业管理的具体方法。其主要内容包括对于技术革新带来的生产过程的机械化、自动化、高度精神紧张的监视作业；调控温度、湿度、照明的作业环境的增加，弹性工作制的普及等变化的作业形态。
老龄工人及女工的劳动能力和作业适应性研究
随着人口结构的变化，老龄人就业将进一步增多；由于男女就业机会平等，妇女就业也将增加。但是，过去的工作环境大多是以一定年龄段的男工为前提设计的。因此，为使老年人和妇女在工作场所也能充分发挥能力，研究所以这些人群的生理功能和劳动能力为课题，把研究成果作为创造舒适工作环境所需的技术信息加以提供。
化学物质及物理因素的有害性预测和评估
新化学品进入工厂使用前必须进行有害性评估，已经在工厂使用的化学品，如怀疑其存在过去不知的毒性时，必须重新评估。因此，研究所利用细胞培养、实验动物、机体试料等开展有害性甄别试验，并根据需要开展流行病学调查，预测和评估化学品有害性。
作业环境中有害因素的检测方法和作业环境评估
室内作业如存在暴露的有害化学物质或物理因素，必须定期实施作业环境监测和评估，以防止对工人健康的危害。在作业现场实施作业环境监测，需开发和普及有效且简便的检测方法；因此，研究所进行从有害化学品的状态分析、物理性分析等基础研究，到具体检测技术开发的广泛研究，为检测标准和检测指南的制定提供参考资料。
有关作业环境、作业机器的人机工程学及工业卫生工程学对策
一部分职业病是由物理因素引起的。为了预防这些职业病，研究所以人机工程学的观点，对作为有害因素发生源的作业机器、工具的物理特性，或者防止暴露的护具的物理特性是否符合工人生理特性进行评估；还对从作业环境中排除有害化学物质的局部通风装置等工程对策进行调研，以实现人机和相关环境的综合性改善与舒适化。
测试呼吸保护装置
对有害气体面具和粉尘呼吸器进行测试，使呼吸器在使用前得到国家的测试批准。