进口农业转基因生物按照用于研究和试验的、用于生产的以及用作加工原料的三种用途实行安全审批管理。农业转基因生物安全管理办公室自收到申请之日起两个月内给出受理或者不予受理的答复。农业部自收到申请人申请之日起270日内作出批准或者不批准的决定，并通知申请人。
一、进口用于研究和试验的、用于生产的农业转基因生物安全管理程序
（一） 引进单位或境外公司对所从事的农业转基因生物活动进行安全性评价，填写农业转基因生物安全申报书和进口安全管理登记表，准备有关申报材料。
（二） 引进单位的转基因生物安全小组或境外公司负责人，组织对申报材料进行技术审查，填写本单位的审查意见。
（三）引进单位或境外公司拟申请进行实验研究、中间试验的，将申报材料直接报送农业转基因生物安全管理办公室；拟申请环境释放、生产性试验和安全证书的，须取得实施所在省（市、自治区）农业行政主管部门的审核意见后报农业转基因生物安全管理办公室。实施所在省农业行政主管部门自收到申报材料之日起15个工作日内提出审核意见。审核内容包括：试验地点基本情况是否真实，采取安全控制措施实施的可能性。
（四）农业部组织国家农业转基因生物安全委员会（简称安委会）进行安全评价。农业转基因生物安全管理办公室根据安委会的评审意见和《农业转基因生物安全评价管理办法》不同阶段的规定,起草农业转基因生物进口批准文件或安全审批书或安全证书，经主管部长签发后，抄送相关省农业行政主管部门、部内有关司局和国家质检总局。
（五）引进单位或境外公司凭农业转基因生物进口批准文件或安全审批书或安全证书向有关部门办理相关手续。
二、进口用作加工原料的农业转基因生物安全管理程序
1、由境外公司向农业转基因生物安全管理办公室提出领取农业转基因生物安全证书申请。申请资料包括：
（1）进口安全管理登记表；（2）按照《农业转基因生物安全评价管理办法》附录V填写的申报书；（3）输出国家或者地区已经允许作为相应用途并投放市场的证明文件；（4）输出国家或者地区经过科学试验证明对人类、动植物、微生物和生态环境无害的资料；（5）境外公司在向中华人民共和国出口过程中拟采取的安全防范措施。
2、农业转基因生物安全管理办公室对申请资料进行审查。
3、审查合格，由农业部出具一个允许进行安全评价检测的批件，凭该批件依法向相关部门办理检测材料入境手续。
4、境外公司委托国内经农业部认可的检测机构进行安全评价检测。具体参照《农业转基因生物安全管理条例》和《农业转基因生物安全评价管理办法》关于环境释放阶段的要求进行。
5、境外公司向农业转基因生物安全管理办公室提交有关安全评价检测报告。
6、国家农业转基因生物安全委员会对申请材料进行全面的安全评价。
7、安全评价合格并经农业部核准后颁发农业转基因生物安全证书，并抄送国家质检总局。
8、凭农业部颁发的农业转基因生物安全证书和相关批准文件，依法办理有关手续。
9、在首次申请农业转基因生物安全证书获得批准后，再次向中国出口农业转基因生物，符合同一公司、同一种农业转基因生物条件的，简化安全评价手续。由境外公司或代理公司或进口公司凭农业部首次颁发的农业转基因生物安全证书复印件，填报进口安全管理登记表并附拟采取的安全防范措施，向农业部农业转基因生物安全管理办公室提出申请。经审查合格，农业部颁发本批次的农业转基因生物安全证书；凭农业转基因生物安全证书，向有关部门办理相关手续。
10、进口转基因农产品直接加工品安全证书的申领，只有其原料取得安全证书后，方可参照上述第9条的简化程序进行办理。
三、转基因农产品安全管理临时措施的管理程序。
本管理程序是根据农业部190号关于“转基因农产品安全管理临时措施”的公告制定的。
1、境外公司按照《农业转基因生物安全管理条例》和《农业转基因生物安全评价管理办法》有关进口用作加工原料的农业转基因生物的规定，向农业部农业转基因生物安全管理办公室（以下简称“办公室”）申请安全证书。已递交申请的境外公司以及相关的贸易公司，可申请向中华人民共和国出口转基因农产品的“临时证明”。
2、如境外公司在短期内无法提供完整的中文申请资料，可提供英文申请资料作为申请“临时证明”的条件。但“办公室”自收到境外公司提供的完整的中文申请资料之日起，方开始正式受理安全证书的申请。
3、向“办公室”申请“临时证明”时，须提供以下资料：
（1）进口转基因农产品临时证明申请表（格式见附表）。
（2）本国或第三国国家安全评价管理机构出具的有效文件。
“办公室”对上述资料的真实性进行审核。
4、在境外公司向“办公室”申请“临时证明”的同时，进口商可向“办公室”申请标识使用认可。“办公室”根据《农业转基因生物标识管理办法》相关规定进行审核。
5、上述审核合格者，“办公室”在30天内分别发给“临时证明”和标识使用认可批准文件。
6、进口商持“临时证明”和标识使用认可批件依法办理相关进口手续。
7、2002年12月20日临时措施期满后，按《条例》和《农业转基因生物进口安全管理办法》执行。
附表：
进口转基因农产品临时证明申请表
商品名称 税号
商品一般资料 用 途
包装方式 储存方式
运输工具 启运口岸
到达口岸
转基因生物原料的一般资料 受体生物
目的基因
功能特性
转 基 因生 物
产 地
研 发 商
产 地(第三)国批准的文件 编 号
审批机构
有 效 期
用 途
申请单位情况 国家（地区）名称
单 位
主 要 经营 活 动
联系方式 电 话 传 真
E-mail 联系人
通信地址
申请单位盖 章（签 字） 年 月 日
申请日期
备 注