为进一步防控松花江污染，吉林省对松花江流域重点污染源实行排污许可证制度，对于没有取得排污许可证的企业，将被责令不许排污。
吉林省环保局污控处处长张岩介绍，为防控松花江污染，吉林省对流域重点工业污染源在达标控制的基础上进一步实行总量控制，以符合流域地表水功能区标准的需要。并要求流域重点污染源2008年度实行排污许可证制度，其中包括城市污水处理厂，未取得排污许可证的不得排污。目前已对30余家企业办理了排污许可证。另外，吉林省规定重点企业今年年底前列入规划的47家企业必须全部办理完排污许可证。
吉林省还对严重违法排污的企业实行"挂牌督办"，同时限批有关的建设项目等。对重点排污企业实行在线监测，并实行联网监督，从而确保松花江水质的改善。
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