流域水环境具有不可分割的整体性，但行政区划却使这种整体性被打破。在经济利益的驱动下，如果上游政府发展水污染项目，就会出现把税收装入腰包，污染物却转移到下一个行政区域的情况。
同样，在进行环保考核时，下游政府也会把责任推给上游。行政区划诱发的地方保护主义导致了跨行政区水污染防治中的低效甚至无效，从而引发资源环境日趋恶化，这几乎成了中国水污染治理的一项制度痼疾。
如今，难题正随着生态补偿制度的实施逐步破解。
2008年4月9日，云贵川藏渝等西南5省(区、市)及相邻地区共计11个省(区、市)在四川省成都市共同签署《西南地区及其相邻省区市跨省流域(区域)水污染纠纷协调合作备忘录》，尝试建立起区域水环境安全纠纷协调机制。
很多省份也在省内小流域或者全省范围内尝试破解全流域水污染纠纷的难题。
江苏省在太湖流域部分主要入湖河流及其上游支流开展试点，建立跨行政区交界断面和入湖断面水质控制目标。上游设区市出境水质超过跨界断面控制目标的，由上游设区市政府对下游设区市予以资金补偿。相比之下，我省的生态补偿制度更为详细和完善，力度也更大。
2008年7月，国家环境保护部专门出台了《关于预防与处置跨省界水污染纠纷的指导意见》，国家层面医治跨界水污染顽症的努力更进了一步。
随着跨界水污染引起全社会的共同关注，破解的办法也会越来越多，我们期待着生态补偿制度能够推广开来，并在我省节能减排、环境改善等方面发挥更大的作用。
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