审计署2009年第五号审计结果公告显示，渤海水污染防治存在措施不到位、海域监督管理粗放、部分资金征管使用不规范等问题。
5月22日，审计署公布了《渤海水污染防治审计调查结果》。2008年3月至9月，审计署对环渤海地区2006年至2007年水污染防治情况进行了专项审计调查，重点调查了天津、大连、营口、盘锦、锦州、葫芦岛、唐山、秦皇岛、沧州、滨州、东营、潍坊和烟台13个市政府及其所属环保、海洋、发展改革委、财政、建设等部门。
结果显示，渤海水污染防治问题重重。
石油化工等排放大户超标排放
水污染防控措施落实不到位，是审计发现的主要问题。石油化工、造纸和印染等重点监测企业甚至超标排放。
审计公告指出，2007年，13市正常生产的180户国家重点监控废水排放企业中，有41户废水超标排放，其中35户属于石油化工、造纸和印染等污染物排放大户，达超标总数的85%。
2007年，七个市的城市污水处理率低于全国60%的平均水平。与2005年相比，13市2007年城镇生活污水中排放的化学需氧量（COD）增长7%。
这主要是因为污水处理能力不足。13市“十五”期间计划投入63亿元建设86座污水处理厂，截至2007年底，仍有14.5亿元资金没有到位，23座污水处理厂尚未开工建设；而“十一五”期间计划建设的146座污水处理厂，有71座未开工建设，仅完成计划投资的21%。
即便是已经运行的污水处理厂，审计结果显示，有18座（占35%）处理后的水质和污泥不达标。十座垃圾处理场中，有六座将收集的62万吨垃圾（占收集总量的31%）简易填埋或露天堆放。
违法违规用海面积达189平方公里
由于渤海沿岸一些地方政府拆分项目审批、海洋部门违规批准和用海单位违法使用等原因，审计调查发现，2006年至2007年间违法违规用海面积达189平方公里，欠缴海域使用金48.7亿元。
海域监督管理粗放也是渤海水污染问题的主要原因之一。审计结果报告指出，有的地方和单位对海洋倾倒废弃物的管理薄弱。截至2007年底，渤海16个临时性海洋倾倒区中，有七个已超过使用期限而未按规定封闭。
个别地方政府甚至干预海洋执法，出现主管部门违规审批倾倒和单位擅自倾倒行为。此外，对围填海项目的开发利用控制底线不完备，改变了海洋生态环境，也加剧了污染。
主管部门违规减免处理费2.95亿元
2006年至2007年，审计调查范围内的政府和辖区企业投入治理污染资金351.13亿元，但部分资金征管使用不规范。
据审计调查不完全统计，13市少征排污费和污水处理费5.78亿元，占应征额的15%。其中，主管部门和代收单位违规减免2.95亿元，缴费单位欠缴2.83亿元。
部分专项资金没有按规定使用。审计调查发现违规使用资金6.07亿元，由于污水处理费未纳入财政专户管理，被挪用于补充环保部门经费和污水处理费代收企业生产经营的资金达5.3亿元。
在审计调查的获得排污补助的471个企业污染治理项目中，有151个未按期完成。盘锦市将1611万元排污费平均分配到152个项目，每个项目10.6万元，难以形成治理合力。
2006年至2007年，13市曾安排使用3.44亿元海域使用金。但由于对具体用途的规定不明确，有2.22亿元返还给用海单位，7072万元用于弥补海洋部门经费，只有5194万元用于海域保护和管理。
上游地区陆源污染严重
审计署农业与资源环保审计司司长黄道国在答记者问中指出，渤海污染的责任并不全在于13个市，因为除了城市人口增加，工业废水排放，污染防治工作不力，渤海受纳污染物的60%至70%来自13市之外的上游区域，根本原因在于上游地区的陆源污染。
此次审计调查发现，目前陆源超标排放现象依然严重，环渤海沿岸共监测陆源入海排污口96个，其中超标率为82%。对重点排污口邻近海域进行的监测显示，83%的排污口邻近海域水质不能满足所处的海洋功能区水质要求，44%的排污口邻近海域水质为四类或劣四类。
黄道国呼吁，从可持续发展的高度，要像保护基本农田一样建立和完善严格的渤海海域保护制度和机制。