近年来，重庆市贯彻科学发展观加强环境保护，以主城区大气污染防治和三峡库区水环境保护为重点，建立四项工作机制，推进实施蓝天、碧水、绿地、宁静“四大行动”，努力改善人居环境。
一是坚持科学决策机制。重庆市委、市政府出台了《关于建设宜居重庆的决定》、《关于加强环境保护若干问题的决定》和《关于进一步建立和完善环境保护长效监管机制的通知》。重庆市委常委会、市政府常务会定期研究环保重大问题。历任市委书记、市长都强调“改善重庆环境质量要多付出超过其他城市多倍的努力，需要有超前措施和系列工程”。薄熙来书记批示“一定要重视环保”并主持市委常委会审议党政一把手环保实绩考核结果。王鸿举市长要求“区县党政领导要像背GDP那样对辖区污染物排放量了如指掌”并亲任市环委会主任，30个市级部门一把手为市环委会成员，每年开会研究工作。建立了“目标任务明确、系统论证评估、广泛征求意见、院士专家论证、政府审议印发”的科学决策机制，完善了“市环委会决定、市调度会研究、专题会议推进、现场会议督办、联络员会协商”的会议工作机制。
二是建立目标责任机制。建立了党委、政府主要领导亲自抓，分管领导具体抓，各区县和市级部门层层落实的目标责任制。重庆市委、市政府每年将环保目标任务和突出环境问题分解下达到区县党委、政府和市级部门，并纳入区县经济社会发展综合考核和党政一把手环保实绩考核内容。初步建立了以推进“四大行动”为主的环境质量改善机制，以“严查环境违法行为保障群众健康环保专项行动”为主的环境执法部门联动机制，以落实党政一把手“亲自抓、负总责”为主的环保实绩考核机制，以畅通“12369环保举报受理中心”为主的环保公众监督机制。形成了“党委政府领导、人大政协监督、环保部门组织、相关部门履职、社会公众参与”的齐抓共管机制，完善了“职责分工明确、目标任务量化、项目措施落实、监督考核逗硬、奖励惩处兑现”的目标责任机制。
三是健全工作保障机制。重庆市政府每年在排污费之外再安排5000万元用于污染防治和生态建设并以此为基数每年递增10%，直辖以来全市投资生态环保约600亿元，市财政近3年投入生态环保资金174亿元，“四大行动”每年投入近50亿元。制定了四大行动督查、实施方案编制、环境质量预警与应急3个工作流程图。建立了“组织保障有力、制度保障可靠、项目保障落实、执法保障充分、人员保障到位”的组织与制度保障机制，形成了“完善政策配套、开展建章立制、坚持技术创新、保障资金投入、强化监测能力”的政策与投入保障机制。
四是完善监督考核机制。2004年起3任分管副市长均坚持每季度召开四大行动调度会，检查工作进展，研究解决问题。成立了重庆市政府督查室主任为组长的市政府蓝天行动督查组，从重庆市监察局、市环保局、市建委、市市政委抽调专人集中办公，开展日常巡查和督办问题，制定了《重庆市主城空气质量预警与应急措施暂行规定》和《重庆市环保四大行动督查工作暂行办法》。各区也成立机构开展联合执法、交叉检查、案件移送、挂牌督办等。初步建立党政一把手环保实绩考核、年度目标任务考核、民心工程考核、环境突出问题考核等制度。形成了“实行政务督查、开展行政监察、落实责任追究、公布投诉电话、定期监督通报”的政务监督机制，建立了“专人巡查、日常督办、媒体曝光、挂牌督办、限期整改”的污染源督办机制，完善了“预警预报、应急响应、信息共享、监控严密”的预警应急机制。