１１月１２日，安徽省人大环资委近日公布的一份调研报告显示，伴随着大量治污措施的实施，巢湖流域经济高速发展的同时保持了湖区水质总体稳定，部分支流水体污染状况有所好转。但是巢湖流域水污染防治“十一五”规划项目整体进度滞后，湖区富营养化问题依然突出。
监测数据显示，２００９年上半年，巢湖湖区整体水质中度污染，水体呈轻度富营养状态。其中西半湖水质重度污染，水体呈中度富营养状态。主要超标指标为总氮、总磷。９条主要环湖河流中，南淝河、十五里河、派河和双桥河水质重度污染，为劣Ⅴ类。
安徽省人大环资委有关负责人指出，多年来巢湖富营养化突出，在水文条件合适的情况下，仍易发生蓝藻“水华”。今年９月上旬，巢湖湖区暴发局部性蓝藻水华，西半湖蓝藻最高达１４０平方公里。上半年，国家对巢湖流域水污染防治“十一五”规划２００８年度执行情况进行考核，湖区１０个考核断面中，有７个断面的总磷或总氮指标没有达到规划确定的年度目标要求。
此外，巢湖流域“十一五”规划项目建设整体进度滞后。目前，距“十一五”期末仅有一年多时间，尚有一些项目进度明显缓慢。据了解，项目进度滞后的主要原因是资金不足。近年来，国家在巢湖污染治理上的投资支持比例相对较小，巢湖治污常常是旧账未清，又欠新账。如“十一五”期间，流域内共有２０个项目获国家专项资金支持，项目总投资２５．５亿元，国债补助资金累计７．２亿元，其余７１．２％的项目资金需自筹。流域内除合肥、巢湖市区和个别县外，其他各县自筹项目资金没有到位，地方和企业自筹资金不落实，影响项目完成率。