在探索流域管理体制机制的过程中，不少地方相继建立了上下游生态资源补偿机制，但这些补偿仅局限于上下游或受益地区与受损地区之间的补偿，最多也只能算是环保领域的内部循环。事实上，之所以存在由来已久的生态环境问题，其主要原因在于缺乏经济发展对环境保护这种更高层面的补偿机制来消除和扭转日益增大的“环境赤字”。
人类对产品的永续需求和物质生产对自然资源与生态过程的内在依赖性，决定了可持续发展战略的重要地位和作用。实践证明，经济发展必须建立在生态环境可承受的基础之上，必须保证生态环境得到保护、改善和永续利用，才能够支持长期的经济发展。同时，也必须将资源再生和环境治理纳入宏观经济系统，并通过经济和价值的补偿来保证资源环境与经济社会的协调发展。
传统的经济发展之所以不能长期稳定持续进行，就在于它本身是以牺牲环境质量为代价而换取短期的高速发展，使生态环境难以“休养生息”。也就是说，经济增长和环境保护的关系是不平衡的，只有环境单向地为经济增长发挥基础性作用和支撑作用，而环境保护几乎得不到经济增长的补助。人类已被经济快速增长的成果所陶醉，只根据经济增长给予的利益行事，对自然资源索求无厌，而且急不可耐，却忽略了大自然的生态规律。这些不协调的行为，使经济增长对环境保护的补偿微乎其微。一开始也许仅仅影响环境质量的改善过程，但从长远看，这个问题不解决，生态环境必然出现危机:支撑经济发展的水系、土壤、森林、农田不堪重负，没有足够的再生能力来修复人类的活动造成的破坏，靠“超支生活”，在环境保护领域推行全盘的生态“赤字财政”。因此，经济发展变成了只由环境保护推动经济增长的单向运动，而不是两者的和谐，从而导致了目前日益严重的环境问题。
建立经济发展向环境保护的补偿机制，就是要以经济增长为依托，在经济增长的份额中拿出最适宜的比例，用于反哺、修补和补偿生态环境系统，最终实现两者的和谐发展。
树立正确的补偿观念。不能把自然环境视为需要加以征服的异己力量，而要把经济增长和自然环境视为一个统一体，彼此协调发展。不能只向自然界索取资源，而首先要保护环境、培育资源、维护生态平衡。然后再取之有方和有限度地索取，使自然环境能永远地向我们提供越来越多的资源和优良的环境质量。要改变传统的单程式增长型经济发展模式，把内涵扩展为追求一种生态经济社会整体和谐的综合发展模式。此外，尚未获得补偿的地区也要经得住考验，经得起诱惑，宁可发展得慢一些，也要发展得好一些、稳一些。今天发展速度的“缓慢”换来的将是绿水青山，换来的将是环境友好的蓝天白云。
建立规范制度。目前，许多地区推行的生态补偿机制主要靠行政推动，经济手段、市场机制以及法律手段等都没能有效运用。要用法律手段固定补偿的方式、渠道、数量，将资源消耗，环境污染的治理、保护和补偿纳入国民经济和社会发展的核算、折旧、替代和补偿体系之中，真正形成“污染者付费、利用者补偿、开发者保护、破坏者恢复”的补偿机制。要制订相关的价格、税收、财政、金融和投资政策，为资源和环境的补偿开辟更多的资金来源。特别需要强调的是，对生态环境的补偿不是简单的增加投入、货币赔偿或对环境保护的单一补贴，而应该是全方位的，包括技术、政策等各方面。首先是货币方式，这是一种最为简单易行的方式，国家可以在财政支出中专门拨款用于环境保护的补偿；其次是技术补偿方式，将经济领域的成熟技术向环境领域转移；第三是知识产权方式，让经济、技术等领域的产权向环境领域转移。
合理确定补偿临界点。有人认为，只有像发达资本主义国家那样在人均GDP达到8000美元~10000美元后，才能建立起正常的补偿机制，拿出足够的资金用于环境污染治理。事实上，对环境保护进行补偿，是环境保护与经济协调发展的客观要求，它不能简单地以经济价值量作为衡量指标，应以环境质量恶化、影响经济增长的程度为界限标准。