7月15日晚，由环境保护部和福建省环保厅、龙岩市政府及环保部门组成的联合调查组公布了紫金矿业污染事故原因及处理意见。
联合调查组认定此次事件是一起由于企业污水池防渗膜破裂导致污水大量渗漏后通过人为设置的非法通道溢流至汀江而引发的重大突发环境事件。
联合调查组初步查明此次事件的原因如下:
一是企业防渗膜破损直接造成污水渗漏。经查，企业各堆场及各池底未进行硬化处理，防渗膜承受压力不均，导致防渗膜均出现不同程度的撕裂，污水渗漏问题严重，加之近期紫金山矿区受持续强降雨影响，污水池底部压力发生变化，致使污水池防渗膜发生突然破裂，污水大量渗入地下并外溢至汀江。
二是人为非法打通6号集渗观察井与排洪洞，致使渗漏污水直接进入汀江。2009年9月，福建省有关环保部门检查时发现排洪洞有超标污水排入汀江，要求企业立即进行整改，但直至本次事件发生企业仍未整改到位。
三是监测设备损坏致使事件未被及时发现。
联合调查组对事件的处理提出以下意见:一是肇事企业立即停产并进行全面整改。二是福建省有关部门立即在全省范围内组织开展环境安全隐患排查。三是严肃追究责任。依法追究肇事企业、防渗系统设计施工单位、监管部门相关责任人的行政、刑事责任，并由肇事企业对此次事件造成的经济损失依法进行赔偿。
又讯16日晚，福建省通报紫金矿业污染汀江案，给予上杭县县长停职检查处分，县环保局长行政撤职；责令上杭县一名副县长及龙岩市环保局长辞职。此前，紫金山金铜矿铜湿法厂厂长林文贤、副厂长刘王勇、厂环保车间主任刘生源已被刑拘。