2011年1月5日，农业部令[2011]第1号公布了《水产种质资源保护区管理暂行办法》（以下简称《办法》），这对于强化和规范水产种质资源保护区管理、保护重要水产种质资源及其生存环境、促进渔业可持续发展和国家生态文明建设将发挥重要作用。
水产种质资源保护区是指为保护水产种质资源及其生存环境，在具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域，依法划定并予以特殊保护和管理的水域、滩涂及其毗邻的岛礁、陆域。近年来，针对工程建设等人类活动大量占用、破坏重要水生生物栖息地和传统渔业水域，严重影响渔业可持续发展和国家生态文明建设的严峻形势，我部在大力组织开展增殖放流、休渔禁渔等水生生物资源养护措施的同时，根据《渔业法》等法律法规规定和国务院《中国水生生物资源养护行动纲要》要求，自2007年起积极推进建立水产种质资源保护区，目前已审定公布四批共220处国家级水产种质资源保护区。这些保护区可保护上百种国家重点保护渔业资源及其产卵场、索饵场、越冬场、洄游通道等关键栖息场所10多万平方公里，初步构建了覆盖各海区和内陆主要江河湖泊的水产种质资源保护区网络。划定水产种质资源保护区是协调经济开发与资源环境保护的有效手段，对于减少人类活动的不利影响、缓解渔业资源衰退和水域生态恶化趋势具有重要作用，取得了良好的生态效益和社会效益。
随着水产种质资源保护区数量增加，覆盖范围和影响程度不断扩大，迫切需要制定管理办法，进一步规范并强化保护区管理，解决目前有关法律法规规定比较原则，涉及水产种质资源保护区等重要渔业水域的部分工程建设项目不按法律规定评估、补偿渔业资源损失，部分主管部门在环境影响评价过程中不依法征求或采纳渔业主管部门意见等问题。为此，我部在广泛征求意见、认真研究论证基础上，制定了《办法》。《办法》明确了水产种质资源保护区的设立条件、报批程序、主管部门、管理机构和主要职责，规定了保护区内禁止或限制从事的活动，进一步完善了涉及水产种质资源保护区的工程建设项目环境影响评价程序。