1.调查取证的主体。工伤认定应遵循“先取证后裁决”的行政法原则。对于工伤认定证据的真实性、合法性、关联性以及能否支持工伤认定结论，复议机关可以参照行政诉讼证据规则的要求进行审查判断。在据以作出工伤认定的事实证据中，并不都是劳动保障行政部门的执法人员制作的。当事人认为这些证据不是出自劳动保障行政部门，不能作为其工伤认定的事实证据。对此，行政机关作出具体行政行为必须进行的调查取证，既可以是行政机关制作产生证据，也可以是收集已有的证据，不论这些证据的制作主体，只要符合证据的三性原则，均可作为行政机关作出具体行政行为的事实证据。在工伤认定的证据材料中，诸如伤亡事故报告书、疾病诊断证明、伤残鉴定等材料，都不是劳动保障行政部门制作的，但都可以作为工伤认定的事实证据。
2.证据不充分的两难。《行政复议法》要求具体行政行为必须认定事实清楚、证据确凿充分。作出工伤认定决定，应有充分的事实证据予以支持，否则就可能被复议机关撤销。但在实践中有一种特殊情况，由于客观工作条件或时间因素，职工受伤的过程和原因经行政机关多方调查后仍无法证实，因工受伤和非因工受伤的可能都无法完全确定或排除，因而无论作何工伤认定结论都显得证据不够充分。对此，一种观点认为，法律要求具体行政行为必须有充分的证据支持，复议机关只需审查工伤认定结论是否事实清楚、证据确凿，如果主要证据不足，就应撤销并责令重作。但客观情况表明，无论怎样重作，都不可能作出证据充分的工伤认定。另一种观点认为，既然经调查后无法取得认定工伤的主要证据，即使缺乏认定其属非工伤的证据，也只能作出非工伤认定。第三种观点认为，在全面调查取证的前提下，可以依据比例原则，工伤或非工伤证据显示哪一种可能性较大，就作哪一种认定。