由于农民工具有强流动性，在异地公司工作（工作地和公司注册地，即劳动关系隶属地不在同一地区）已经是很平常的事。如果由劳动关系隶属地的劳动保障行政部门认定工伤，对这些农民工多有不便，不利于维护他们的权利。
江苏某电焊公司承接了湖北武汉某造船厂一电焊工程，在当地招用农民工吴某进行电焊工作。2004年4月3日，吴某受电焊公司指派操作，在收工前从船上跳到墩船时，将左腿股骨摔伤。吴某向造船厂要求办理工伤，该厂认为其受伤的责任不应由其负责，吴某遂向当地劳动保障行政部门提出工伤认定申请。
劳动保障行政部门经调查核实，认定吴某与江苏某电焊公司具有劳动关系，吴某是在工作时间、工作场所，因为工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。因该电焊公司未给吴某办理工伤保险，根据劳动保障部《关于农民工参加工伤保险有关问题的通知》（劳社部发[2004]18号）规定，“用人单位在注册地和生产经营地均未参加工伤保险的，农民工受到事故伤害或者患职业病后，在生产经营地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按生产经营地的规定依法由用人单位支付工伤保险待遇”，武汉当地劳动保障部行政部门直接认定吴某为江苏某电焊公司的工伤。江苏某电焊公司不服，以和吴某不存在劳动关系，不是武汉市注册的单位为由，申请行政复议，复议机关维持了该认定决定。
劳社部发[2004]18号文的规定，主要是考虑很多农民工是在工作当地招用的，这样规定可以更好地维护农民工的工伤保险权益。
对此类问题需要注意两点。一是农民工如果已经参加了工伤保险，他们受到事故伤害或患职业病后，应当“在参保地进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按参保地的规定依法享受工伤保险待遇”。二是非农民工发生工伤事故，不管有没有参加工伤保险，均应由用人单位注册地的主管部门进行工伤认定、劳动能力鉴定，并按注册地标准享受工伤保险待遇。在这两种情形下，如果劳动者都不在用人单位注册地的，可以由注册地主管部门委托事故发生地的主管部门进行有关工伤的调查取证，再由注册地主管部门进行工伤认定、劳动能力鉴定，以最大限度地方便劳动者维护自己的工伤保险权利。
对自雇者、不构成劳动关系的被雇用的农民工在工作中发生的伤害，如农村建房承包给没有营业执照的自然人，企业直接雇用民工修建简单的工程，被雇者在工作中发生的伤害，劳动者应通过人身伤害诉讼来取得赔偿，而不应申请工伤认定。
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