集装箱堆场针对不同的货物种类设定有不同的管理区域和措施。一般集装箱在水里能保持48小时的水密，所以一般的风吹雨打是没有任何问题的。
首先，集装箱不怕雨淋，因为是密闭状态，除非箱顶有破损，所以在大多数集装箱港区和堆场有专门人员从事查看箱顶的工作。
其次，集装箱分重箱（有货物）和空箱（无货物）之分，一般来讲重箱最多只能堆到4只高，因此无需担心大风刮落。而空箱可以堆到8只高，且没有货物，自重较轻，大风天气极有可能吹落，但是空箱往往百只以上堆在一起，以长方形密布紧挨在一起，相互作用力下形成一定的抗风力，只需简单采取外围固定即可。
还有，危险品集装箱必须堆存在危险品堆场，堆场有监控、喷淋、巡检等措施，危险品箱堆存规定不得超过2只高，且高危危险品不得堆在上层，因此不会倒地。
另外，危险品送入集装箱前必须加外包装，一般为密闭桶装后集中打包，再恶劣的天气也不怕损坏或泄漏。而危险品集装罐（通常存储气态、液态等）外层充有惰性气体，更加安全。
对于特种箱比如危险品有专门的堆栈，危险品堆栈一般在特殊的仓库里里面有专用的消防、安全设备检测危险品货物。
在6级以下的风力的情况下，4个高－5个高的集装箱是不会被吹倒的，如有必要会在箱子底部安装底锁固定，在大风情况下比如台风来的时候就需要采取特别措施了，比如安装档风墙和设定固定锁保证安全。