各类企事业单位、公司、政府机关，无论是它们的结合体或部份（以下统称为组织），无论是何种文化背景和所有制性质，无论它们处于何种环境表现水平和环境管理水平，都可按ISO14001标准的规范要求实施适用于组织自身的环境管理体系（以下简称为EMS）。EMS是个动态的，需不断发展和完善的体系，建立程序与其运作模式没有本质的区别，都遵循著名的"策划－实施－检查－改进"管理循环理论（简称PDCA循环），通常可分解为如下六个阶段和过程。
一、领导决策与准备：EMS是组织全面管理体系的组成部分，环境保护对于组织具有深远的战略意义，EMS的建立与实施需要投入人、财、物等各种资源，因此，必须首先得到最高管理者（层）的明确承诺和支持。最高管理者应任命环境管理者代表，授权其负责建立和维护体系，并向其汇报体系情况。组织应组建一支精干的EMS工作组，在管理者代表的领导下，在通过国际标准、环境知识、环境法律等培训后，即可着手建立体系。
二、初始环境评审：初始环境评审是组织明确环境管理现状的手段，其结论是建立EMS的技术基础和前提条件。管理者代表和工作组应精心策划和实施评审，充分调动发挥各部门的积极性和作用，广泛收集信息资源，编制评审报告。初始环境评审的内容主要包括：
（1）明确组织应遵守的与环境相关的法律法规标准及其他要求，对组织的环境表现进行评价，确定改进的需求和可能性；
（2）利用产品生命周期分析的思想明确组织产品、活动和服务中可以控制和可能施加影响的环境因素，评价出重要环境因素，以作为改进和控制的对象；
（3）收集、分析和评审组织现有与环境相关的管理制度、职责、程序、惯例等信息资源和文件，与ISO14001标准要求对照，确认有益合理成份，以作为EMS的基础。（4）对以前的环境条件和市场信息进行分析评审，以避免环境风险，争取竞争优势。
三、体系策划与设计：依据评审结论，结合组织战略和实力，组织应进行如下策划活动：
（1）由最高管理者制定和签署环境方针，环境方针应明确承诺遵守法律法规，承诺持续改进和污染预防，应指明总体环境目标指标的架构；
（2）制定尽可能量化和分层次的环境目标指标，应符合环境方针的承诺，考虑重要环境因素、法律法规要求、技术和财务自行性及相关方的要求；
（3）制定确保目标指标实现的环境管理方案，明确职责、时限和方法措施；
（4）建立和明确环境管理组织机构和职责权限。
四、EMS文件编制：与质量管理体系相似，EMS遵循如下思路，"写出组织要做的，做组织所写的，记组织已做的"。管理者代表应领导和策划EMS文件的编写过程。应充分利用初始环境评审的结论，对现有体系及其文件进行彻底的清理，取其有用合理成份（包括ISO9000体系中相关文件的采用），将无用文件予以失效处置。组织可采用ISO10013标准推荐的模式编制EMS文件。EMS文件可分为手册、程序文件、作业文件、报告记录四个层次。除了满足ISO14001标准要求，EMS应保障文件的适用性、有效性，可操作性以及文件间及不同活动和职责间的接口关系。通常手册和程序文件由EMS工作组草似，第三层次的作业文件由相关部门的专业人员编制。各类文件有必要经过文件使用者的充分评审，甚至让使用者代表参予编写过程。
五、EMS试运行：EMS试运行与正常运行无本质区别，均应按EMS文件去实施，并记录运行结果。所不同的是，EMS刚建立时需改进的问题相对较多，应通过体系自身运作完善。EMS文件一旦编制完成，
（1）最高管理者应亲自启动EMS，各层次管理者应策划各部门的EMS运作；
（2）对各层次的EMS文件使用者实施分层次的EMS文件培训；
（3）对ISO14001EMS实施全面运作；
（4）对于急于实施第三方认证的组织，应加强动作力度，以便有充分证据证实实施EMS的成效。
六、EMS内部审核和管理评审：EMS经过一段时期试运行，管理者代表应组织培训合格的内审员实施内部审核。内审应按标准要求有计划地、程序化文件化地进行。应审核EMS文件的完整性、一致性、与ISO14001标准的符合性，审核环境管理活动是否满足EMS文件有关计划安排和标准要求，审核EMS是否得到正确实施和保护，审核结果应形成文件并报送最高管理者。此后，最高管理者应组织中层管理者对内审结果、目标指标完成情况、EMS改进的可能性和需要等进行评审，以确保EMS持续适用，充分和有效。
至此，EMS已完成一轮PDCA循环。组织在实施改善的同时，EMS进入了新一轮循环。打算进行认证的组织此时便可委托认证机构实施第三方认证审核了。