环境管理体系认证程序大致上分为以下四个阶段：
一、受理申请方的申请
申请认证的组织首先要综合考虑各认证机构的权威性、信誉和费用等方面的因素，然后选择合适的认证机构，并与其取得联系，提出环境管理体系认证申请。认证机构接到申请方的正式申请书之后，将对申请方的申请文件进行初步的审查，如果符合申请要求，与其签订管理体系审核／注册合同，确定受理其申请。
二、环境管理体系审核
在整个认证过程中，对申请方的环境管理体系的审核是最关键的环节。认证机构正式受理申请方的申请之后，迅速组成一个审核小组，并任命一个审核组长，审核组中至少有一名具有审核范围专业项目种类的专业审核人员或技术专家，协助审核组进行审核工作。审核工作大致分为3步：
1．文件审核
对申请方提交的准备文件进行详细的审查，这是实施现场审核基础工作。申请方需要编写好其环境管理体系文件，在审核过程中，若发现申请方的EM S手册不符合要求，则由其采取有效纠正措施直至符合要求。认证机构对这些文件进行认真审核之后，如果认为合格，就准备进入现场审核阶段。
2．现场审核
在完成对申请方的文件审查和预审基础上，审核组长要制定一个审核计划，告知申请方并征求申请方的意见，申请方接到审核计划之后，如果对审核计划的某些条款或安排有不同意见，立即通知审核组长或认证机构，并在现场审核前解决好这些问题。解决好这些问题之后，审核组正式实施现场审核，主要目的就是通过对申请方进行现场实地考察，验证EM S手册、程序文件和作业指导书等一系列文件的实际执行情况，从而来评价该环境管理体系运行的有效性，判别申请方建立的环境管理体系和ISO14001标准是否相符合。
在实施现场审核过程中，审核小组每天都进行内部讨论，由审核组长主持，全体审核员参加，对本次审核的结构进行全面的评定，确定现场审核中发现的哪些不符合情况需写成不符合项报告并判定其严重程度。
3．跟踪审核
申请方按照审核计划与认证机构商定时间纠正发现的不符合项，纠正措施完成之后递交认证机构。认证机构收到材料后，组织原来的审核小组的成员对纠正措施的效果进行跟踪审核。如果审核结果表明被审核方报来的材料详细确实，则可以进入注册阶段的工作。
三、报批并颁发证书
根据注册材料上报清单的要求，审核组长对上报材料进行整理并填写注册推荐表，该表最后上交认证机构进行复审，如果合格，认证机构将编制并发放证书，将该申请方列入获证目录，申请方可以通过各种媒介来宣传，并可以在产品上加贴注册标识。
四、监督检查及复审、换证
在证书有效期限内，认证机构对获证企业进行监督检查，以保证该环境管理体系符合ISO14001标准要求，并能够切实、有效地运行。证书有效期满后，或者企业的认证范围、模式、机构名称等发生重大变化后，该认证机构受理企业的换证申请，以保证企业不断改进和完善其环境管理体系。
环境管理体系审核认证程序
一、环境管理体系审核
在ISO14011环境管理体系审核程序的标准中，规定了环境管理体系审核的定义。即"环境管理体系审核是客观地获取审核证据并予以评价，以判断一个组织的环境管理体系是否符合环境管理体系审核准则的一个系统化和文件化的验证过程，包括将这一过程的结果呈报委托方。"环境管理体系审核是判定一个组织的环境管理体系是否符合环境管理体系审核准则、进而决定是否给予该组织认证注册的一个重要步骤。
所以环境管理体系审核首先应以客观事实为依据，审核证据必须真实可靠；其次审核工作要遵循严格的程序，审核内容应应覆盖环境管理体系标准的十七个要素；最后审核中各个步骤的工作内容都需形成文件，以保持可追塑性。例如，文件审核要有审核报告、现场审核要有检查清单、现场审核要做详细的记录等。
二、认证申请须知
1、申请环境管理体系认证的组织必须承诺遵守中国环境保护法律法规及其他要求。
2、组织已按ISO14001标准建立环境管理体系，实施运行至少3~6个月，自体系运行后组织无重大环境污染事故，污染物无严重超标排放。
3、组织应按中心的要求填写环境管理体系认证申请书，并提供认证必须的文件：
3.1 同意遵守认证要求、提供审核所需信息的声明；
3.2 组织的基本情况，如组织的名称、地址、法律地位、组织的性质、规模、主要产品及工艺流程、组织环境管理体系主要责任人及其技术资源；
3.3 组织的地理位置图、厂区平面图、工艺流程图、污染物分布图、地下管网图、“环评”批复、“三同时”验收报告、监测报告、污染物排放执行标准。
3.4 环境管理体系手册、程序及所需的相关文件。
4、组织环境管理体系申请、认证程序见“环境管理体系认证审核程序图”、“环境管理体系监督评审、复评、范围变更程序图”；认证收费见“长城环境管理体系认证收费标准”。
5、环境管理体系认证证书有效期为三年。获证组织在三年有效期内应接受认证机构的监督检查，监督检查在获证后半年进行一次，以后每年一次；三年有效期满时，如愿意继续保持证书，应有效期满前三个月申请复评。
6、申请组织的权利：
6.1 与审核中心协商确定审核计划、审核组成员；
6.2 与审核组共同确认不符合报告并对审核报告提出意见；
6.3 利用各种宣传媒体进行认证宣传；
6.4 对中心认证活动、人员、认证结果提出申诉、投诉。
二、实施环境管理体系审核的程序和要求
根据ISO14011标准，环境管理体系审核的实施可分成四个阶段：
启动审核阶段：在接受委托方的审核申请后，如认证机构确认受审核方符合实施审核的基本条件，即可安排人员去受审核方进行初访，以了解受审核方的规模、性质、特点及环境状况等基本情况，并共同确定审核范围，进而双方签订审核合同。启动审核阶段的主要工作是文件预审。包括对环境管理手册、程序文件以及必要的环境背景资料文件的审核。
审核准备阶段：主要工作内容是在认证机构内部完成的。其中包括制定审核计划，组成审核组并对审核组成员的工作进行分工，编制现场审核用的工作文件等。这里面工作量最大的是编制现场检查清单，审核人员要在仔细阅读受审核方的环境管理手册及程序文件的基础上，列出现场审核中对各部门的检查内容。
实施现场审核阶段：根据ISO14011标准在这一阶段的工作程序又可分为四部分。
（1）首次会议：审核组长要向受审核方的管理层人员介绍审核组成员，要共同确认审核范围、审核准则和审核进度等。
（2）收集审核证据：审核组成员需到企业的各有关部门和生产现场去，通过交谈、现场观察和查阅文件、记录等方式收集审核证据以便判定受审核方的环境管理体系是否符合审核准则。现场审核原则上采用抽样方式进行，但为了保证审核工作的质量，审核组在现场审核中至少应包括以下内容：
现场审核应覆盖ISO14001标准中的17个要素，包括与最高管理者座谈环境方针及管理评审的贯彻、实施情况，检查目标、指标和环境管理方案的具体执行情况，各级机构与干部职责的履行情况以及其他各项主要程序文件的实施情况。
要对重要环境因素有关的作业点进行审核，（包括显在的和潜在的重要环境因素作业点），在这些作业点要与负责人和操作工人交谈，以了解他们是否具备了这些岗位所要求的知识与技能，这些作业点是否执行了环境管理体系文件中规定的要求。
要检查各种重要的环境管理记录。包括：各种主要污染物的监测记录，法律法规的收集记录，环境管理体系内审记录，管理评审记录，培训记录等。通过这些记录判定体系的运行状况和效果。
现场观察：审核员要对生产现场、动力设施现场、环保设施现场、危险品及化学品库房等进行现场检查，以判断是否有重要的环境因素被遗漏，体系文件的实施情况，以及员工的环境意识等，做到全面了解环境管理体系在本组织的运行状况。
（3）审核方与受审核方共同评议：分析审核发现是审核组内部对审核中所发现的问题进行分析评审，以找出受审核方在体系上存在的问题。为了更加慎重起见，对于这些审核发现都要与受审核方的环境管理人员共同评议一次，以确认所有审核发现的事实依据。
（4）末次会议：审核组长向受审核方宣布审核中发现的不符合项以及现场审核结论。
编制审核报告阶段：审核组在完成现场审核后，要编写审核报告。审核报告中应包括受审核方的基本情况，环境管理体系文件评审情况，现场审核情况及审核结论等。如果审核组认为受审核方的环境管理体系符合审核准则，则推荐注册。经认证机构技术委员会审议后即可批准注册。