我国水利工程质量实行“项目法人负责、监理单位控制、设计和施工单位保证和政府监督相结合”的质量管理体制。
水利工程质量监督代表国家政府对水利工程在建设实施过程中进行的质量监督管理，其具有强制性、指令性和权威性，与其他建设各方的质量管理体系有本质的区别。质量监督履行政府部门监督职能，不代替建设（监理）、设计、施工等单位的质量管理工作。《工程建设质量管理条例》颁布以后，水利工程质量管理和质量监督管理才真正做到有法可依。
1、质量监督机构的定性问题
全国水利工程质量监督机构普遍存在定性不清的问题，黄河水利水电工程质量监督站存在的问题更为突出，个别没有固定独立的办公用房，没有专职监督人员，造成监督工作工作不到位、积极性不高等现象，对有效进行质量监督起不到应有的效果，甚至失去政府监督的权限和责任，严重的影响了质量监督工作开展的权威性、有效性和独立性。《建设工程质量管理条例》已明确指出“国家实行建设工程质量监督管理制度”，说明质量监督是政府部门的一项法定职责，质量监督机构是具有行政执法职能的机构，做好质量监督工作的首要任务必须尽快明确机构的定性，质量监督机构的定性问题，需要有关部门进一步明确才能解决，保障水利工程发挥良好的社会和经济效益。
2、质量监督人员的问题
质量监督人员的问题主要三方面，一是人员结构不合理，专职和兼职人员比例不当，专职人员少，兼职质量监督人员多，出现“两头大中间小”的现象。目前，在建水利工程质量监督项目站的监督人员中，大部分是退休干部或刚毕业的学生，且项目站站长都是兼职。虽然《水利工程质量监督管理规定》中并没有明确各级监督机构应配备多少比例的专职监督人员，但从实际工作开展以及质量监督的行政职能来看，专职人员比例偏低难于有效进行质量监督工作，也无法保证质量监督的工作质量，因为兼职质量监督人员本身有自己的岗位工作，精力和时间均难以满足质量监督工作的需要。二是人员素质不高，一方面是学历、职称偏低，二方面是专业结构配备不齐全、不合理，尚不能满足质量监督工作的需要，质量监督本身具有行政执法和技术监督的双重职能，监督人员不仅要熟悉熟悉国家和水利部有关的法律法规、规程规范和技术标准等，更要具备发现问题和解决问题的能力，因此，监督人员必须具备较高的综合素质。
3、监督内容和方式的问题
质量监督工作事务性较多，与政府监督职能不相称。目前的水利工程质量监督工作内容除了项目划分认可、主持单位工程外观质量评定、工程项目的质量核定、建设各方质量体系复查之外，还包括一些微观、事务性的管理工作，如，参加重要隐蔽工程及工程关键部位的质量等级核定（这部分的工作是很繁重的），单位工程质量等级核定，单位工程验收和阶段验收时提供工程质量评价意见等等，同时作为监督机构和人员均要盖章和签字以及编写质量评定报告，有的甚至直接参加业主组织的具体工程技术工作，这无疑给本来已经任务繁重的质量监督机构很大的压力，成了工程质量实体的组成部分，无法起到政府的应有的监督作用。
重视工程质量实体的监督，忽视了对业主（建设单位）、设计、施工、监理、等单位的质量行为进行有效的监督。在工程建设中，建设各方的质量行为、质量保证体系、质量检验体系对工程质量影响重大，但对这方面并没有很好监督到位，反而把自己套进了质量实体的具体行为中去，所以应从重视质量实体的监督转变到注重质量行为的监督，实现工程实体质量监督和质量行为监督并举的同时，以行为监督为主。
外观质量评定缺乏统一标准，具体操作难度和人为影响大，常常带有某种倾向性和随意性，使工程实际与评定不相符，有的甚至简化程序、“闭门造车”，个别工程项目由于意见不一致导致监督站与建设各方矛盾的激化，这样评出来的优良工程失去实际意义，所以制订统一的外观质量标准很有必要，建议尽快针对工程的功能、类别和规模制订相应的可操作性的标准。
质量监督的方式有待改善。目前的监督方式以抽查为主，设站现场监督和巡回监督两种方式，抽查应包括两方面：质量检测检验资料的抽查和工程本身的质量检测抽查，在具体工程质量监督实际中，质量监督行为本身的工程质量的检测并不多，仅依靠他人的成果，凭自己的业务水平作出判断。建议从以下三个方面考虑第一方面，从单一机构监督向多方机构联合监督转变。从多年质量监督工作的实践来看，联合监督的效果是好的，能够及时掌握流域水利工程质量状况，相互交流和学习质量监督管理经验，取长补短，共同促进，不断提高业务水平。第二方面，工程项目实行“谁主持竣工验收，谁实施监督”已成为水利工程建设体制改革的发展趋势，水利工程的质量涉及安全、环境保护等公众利益，其验收是政府行为，如果仅水行政主管部门几天能发现质量问题是很困难的，所以，质量监督采取“谁验收，谁监督”的原则，由项目竣工主持单位主持单位同级质量机构负责项目的质量监督，符合当今水利工程建设管理体制的要求和特点，使验收更能教好的把握关系到人民生命财产安全的质量问题。第三方面，质量等级明确规定分为不合格和合格，取消优良等级，以便与国家标准建筑工程程相一致，既符合国际惯例，也有利于进行监督管理。
4、质量监督管理制度的问题。
现行《水利工程质量管理规定》与《水利工程质量监督管理规定》都是在《建设工程质量管理条例》颁发之前制定实施的，因此，急需进行修订，建议修订的原则要体现《建设工程质量管理条例》的精神，使工程质量监督的具体规定要与现行行政体制改革相一致，重新明确质量监督职责、工作内容、监督方式。另外，对相关的质量评定规程规范、质量标准也要进行修订，有些规范已十多年未修订，有些设计规范变了，施工规范没有相应修订，在执行上有配套难的问题。特别是新材料、新工艺的广泛运用，而施工规范、评定标准却没有及时颁发，具体操作受到制约，水利部的评定标准适合于大中型项目，概括性强，适用范围广，使得一些中小型工程项目中一些单元，甚至是一些常用的单元工程等没有相应评定标准。所以应结合新技术、新工艺、新材料的应用以及水利工程建设内容的不断更新，建议进一步完善，使具体的监督更加合理化、科学化，便于操作。
5、质量监督技术的问题
应把质量检测和质量信息作为质量监督的技术支撑。目前主要存在两方面问题，一是质量监督机构与质量检测机构的关系不明确，难于发挥质量检测在质量监督中的作用。为了有效的加强对水利工程质量的监督和检测工作，建议检测机构应具有独立的法人地位，事业编制，作为相应的质量监督机构下属单位，为水利工程的建设各方以及质量监督机构提供有效的检测和服务工作，作为质量监督的技术支撑。二是质量监督信息沟通缺乏应有的信息平台，仅举办交流会议是不够的。应建立在建水利工程质量数据库，实现一定范围的资源共享，使水利部（流域机构）与地方水行政主管部门的质量信息、流域机构与重点工程（大型水利工程）建设单位的质量信息、质量监督机构与建设管理部门之间的质量信息，得到有效的沟通和共享，为水行政主管部门的建设管理、工程验收、稽查等决策提供快速且直接的质量信息资料。
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