2004年6月22日,河南省开封市兴化精细化工厂129名职工兴致勃勃地来到济源市旅游，由事先联系的明珠岛旅行社接待进行游览活动。他们的主要浏览景地是小浪底水库，这个水库自建成以来，便成了人们慕名前来的旅游景地。
按照日程安排，兴化精细化工厂全体人员于当日16时左右到达小浪底水库北岸的济源桐树岭码头。其中65名开封市兴化精细化工厂职工和3名导游登上当时已在附近岸坡且船首抵岸的“明珠岛二号”客船（额定载客58人），在只有1名驾驶员（要求最低配备船员3人）的情况下向预定游览航线开航。留下的64名开封市兴化精细化工厂职工和2名导游于16时45分乘另一艘客船“明珠岛一号”，除了化工厂的职工外，该船上还有另外1名散客和1名导游乘坐。此时天气晴好，有微风。
游客们尽兴游览了一番后，17:30开始返航。18时左右，返航途中的“明珠岛二号”与后出发的“明珠岛一号”相遇，左舷会船驶过。19:30，“明珠岛二号”驾驶员李小会接到管理人员刘东武电话，要他减速等待后面的“明珠岛一号”。李小会将船速减至最低（约5公里/时）航行。此时水面开始起风，风力不大。19时52分左右，在距离桐树岭码头约7公里处，“明珠岛一号”追上“明珠岛二号”，从其右舷超过，两船游客互相招手示意。夏日的天气，说变就变，此时，一对流云团从东南方向涌来。乌云带着雨幕齐刷刷地从东南方向逼来，顷刻风雨大作，两船驾驶员都要求游客进入船舱，关闭窗户。
“明珠岛二号”驾驶员李小会急忙将船舶转向迎风方向，向右打舵，同时将船加到全速。由于打舵过急， 船舶迅速左倾后瞬间向左倾覆，船上65名游客、3名导游和1名船员全部落水。此后，在短时间内有31人从舱内逃出，爬上倾覆后仍在漂浮的船底，呼救待援。前来救援的“明珠岛一号”在距“明珠岛二号”约1000米处被鱼网缠住螺旋桨，无法前往救援，船上人员和游客用手机向有关部门求援，但当地港航部门联络不通，游客只好向“110”报警。
20时14分左右，一条铁皮渔船赶到事故地点，救走17名落水人员。剩余14人和1名后来漂起的人员仍站在船底上等待救援。
20时34分左右，倾覆的船体右侧翻转，15人再次落水。20时35分左右，“明珠岛二号”沉没。
20时40分左右，多艘救助船舶到达，救起11名落水人员（其中1人已经死亡），另外4人失踪（后证实死亡）。
“6.22”小浪底沉船事故引起了党中央、国务院的高度重视和社会各界、新闻媒体的广泛关注。国务院安委会组成了由国家安全生产监管局、监察部、交通部、水利部、国家旅游局、全国总工会和河南省政府有关部门人员参加的联合调查组，进行事故调查。
调查表明，这是一起严重的责任事故。根据小浪底水库调水调沙工作需要，河南省黄河小浪底风景区管理委员会办公室发出了《关于小浪底水库调水调沙期间旅游工作有关问题的通知》，要求6月15日至7月10日之间全面禁止水上旅游活动，严禁旅游船只在库区内航行。该通知下达到济源市之后，济源市政府分管领导批示转发济源市的旅游和交通行政主管部门组织落实，济源市主要领导还在调水调沙期间到小浪底水库检查安全生产工作，但是都没有发现有什么严重问题。
负责行业安全管理的济源市旅游行业管理部门在接到济源市政府转发的“禁航通知”后，只是转发给了济源市小浪底风景管理局，却没有传达给直接组织旅游接待活动的各个旅行社，也没有作出停止水上旅游活动的相应工作部署，造成在禁航期间济源市的旅行社等旅游企业一直开展小浪底水库水上旅游活动。在这种情况下，小浪底明珠岛旅行社有限公司就在禁航期间仍然向客户介绍水上旅游项目和活动内容，违反规定接待组团进行水上游览，而济源市小浪底风景管理局也同样没有贯彻执行“禁航通知”，所以“禁航期间”组织接待水上旅游的活动一直在进行。
济源市交通航运安全管理混乱。济源市港航管理局下并存，履行行政执法职能的“港航管理处”和实际是企业职能的“济源市交通航运中心”，没有划清政府行政执法监督职能和企业经营管理职能，导致了行政执法部门在利益驱动下不能严格执法。
济源市港航管理局在接到“禁航通知”之后，不但没有履行对下属部门和单位的监督管理职责，其主要负责人还采取了“灵活掌握”的变通手法，致使港航管理处没有执行“禁航通知”，没有履行水上安全监督管理职责，没有查禁禁航期间违规出航的船舶，使“明珠岛二号”能在不办理港监签证的情况下出航。而作为济源市旅游船舶集中挂靠经营管理单位的交通航运中心，则根本没有执行“禁航通知”，仍然出售水上旅游船票，安排游船出航，使得“禁航”期间一直有多艘游船在水库库区做游览航行。并且该中心忽视游船安全管理，“明珠岛二号”在不办理港监签证，船员配备不足的情况下，搭载超员乘客违规出航。
小浪底明珠岛旅游开发有限公司所属“明珠岛二号”旅游船违规出航，遇到风雨时处置不当，驾驶员双车加全速同时大量向右打舵，并且没有回舵，操作产生的力矩加上风雨吹打船舶右舷形成的合力导致船舶向左倾覆。
水上事故应急救援体系不健全。当“明珠岛二号”于19时54分倾覆时，在其附近的“明珠岛一号”船上人员和游客用手机向有关部门求援，但当地港航部门的报警联络不通，只得向“110”报警。有组织的救援船舶在事发后将近一个小时才赶到现场。其间于20时34分倾覆漂浮的船体沉没，使第一次爬上船体的落水人员再次落水，其中5人死亡。若非在20时14分一条自发赶来的渔船救走17名负伤和女性落水人员，此次事故的死亡人数还可能增多。
库区水面航行缺少必要的安全保障条件。小浪底水库水上游览航线没有航行气象情况通报体系和船用甚高频通讯系统，库区水面航行船舶无法得知前方航路情况，不能及时了解天气变化情况，无法预先采取安全措施。
调查表明，“明珠岛二号”游船是2004年4月建造的钢质旅游客船，额定载客58人，最低配备船员3人。该船在“明珠岛一号”图纸基础上作了根本性的设计改动，整个船体宽度、线形和上部结构都发生了变化，按照有关规定，应该报请省级主管部门审批。但是，济源市港航局的业务主管人员没有履行规定程序，而是自行批准按照未经审批的设计图纸，违规开工滩涂造船。
由于以上种种违规行为，最终导致了这次惨痛事故的发生。