职业安全健康管理体系认证的程序包括下述步骤：认证申请及受理；审核策划及审核准备；审核的实施；纠正措施的跟踪与验证；审批发证；认证后的监督审核和证书期满后的复评审核。各步骤的具体内容如下：
1．认证申请及受理
(1)申请：申请认证的组织以书面形式向认证机构提出申请，并向认证机构递交以下材料：
a．申请认证的范围；
b．申请方同意遵守认证要求，提供审核所必要的信息；
c．申请方一般简况；
d．申请方安全情况简介，包括近两年中的事故发生情况；
e．申请方职业健康安全管理体系的运行情况；
f．申请方对拟认证体系所适用标准或其他引用文件的说明；
g．申请方职业健康安全管理体系文件。
(2)受理：认证机构在接到申请认证单位的有效文件后，对其申请进行受理，申请受理的一般条件是：
a．申请方具有法人资格，持有有关登记注册证明，具备二级或委托方法人资格也可；
b．申请方应按职业健康安全管理体系标准建立了文件化的职业健康安全管理体系；
c．申请方的职业健康安全管理体系已按文件的要求有效运行，并至少已做过一次完整的内审及管理评审；
d．申请方的职业健康安全管理体系有效运行，一般应将全部要素运行一遍，并至少有3个月的运行记录。
(3)合同评审并签定合同：认证机构应就申请方提出的条件和要求进行评审，确保：
a．认证机构的各项要求规定明确，形成文件并得到理解；
b．认证机构与申请方之间在理解上的差异得到充分的理解；
C．针对申请方申请的认证范围、运作场所及某些要求(如申请方使用的语言、申请方认证范围内所涉及的专业等)，对本机构的认可业务是否包含申请方的专业领域进行自我评审，若认证机构有能力实施对申请方的认证，双方则可签订认证合同。
2．审核策划和准备
主要包括确定审核范围、指定审核组长并组成审核组、制定审核计划以及准备审核工作文件等工作内容。
审核工作文件主要包括：审核计划、审核检查表、首末次会议签到表、审核记录、不符合报告、审核报告。
3．审核的实施
职业健康安全管理体系认证审核通常分为两个阶段，即第一阶段审核和第二阶段现场审核。第一阶段审核又由文件审核和第一阶段现场审核两部分组成。
(1)文件审核：文件审核的目的是了解受审核方的职业健康安全管理体系文件(主要是管理手册和程序文件)是否符合职业健康安全管理体系审核标准的要求，从而确定是否进行现场审核，同时通过文件审查，了解受审核方的职业健康安全管理体系运行情况，以便为现场审核做准备。
(2)第一阶段现场审核：第一阶段现场审核的目的主要是3个：一是在文件审核的基础上，通过了解现场情况收集充分的信息，确认体系实施和运行的基本情况和存在的问题，并确定第二阶段现场审核的重点；二是确定进行第二阶段现场审核的可行性和条件，即通过第一阶段审核，审核组提出体系存在的问题，受审核方应按期进行整改，只有在整改完成以后，方可进行第二阶段现场审核；三是现场对用人单位的管理权限、活动领域和限产区域等各个方面加以明确，以便确认前期双方商定的审核范围是否合理。
(3)第二阶段现场审核：职业健康安全管理体系认证审核的主要内容是进行第二阶段现场审核，其主要目的是证实受审核方实施了其职业健康安全管理方针、目标，并遵守了体系的各项相应程序；证实受审核方的职业健康安全管理体系符合相应审核标准的要求，并能够实现其方针和目标。通过第二阶段现场审核，审核组要对受审核方的职业健康安全管理体系能否通过现场审核作出结论。
4．纠正措施的跟踪与验证
现场审核的一个重要结果是发现受审核方的职业健康安全管理体系存在的不符合事项。对这些不符合项，受审核方应根据审核方的要求采取有效的纠正措施，制定纠正措施计划，并在规定时间加以实施和完成。审核方应对其纠正措施的落实和有效性进行跟踪验证。
5．证后监督与复评
证后监督包括监督审核和管理，对监督审核和管理过程中发现的问题应及时处置，并在特殊情况下组织临时性监督审核。获证单位认证证书有效期为3年，有效期届满时，可通过复评，获得再次认证。
(1)监督审核：监督审核是指认证机构对获得认证的单位在证书有效期限内所进行的定期或不定期的审核。其目的是通过对获证单位的职业健康安全管理体系的验证，确保受审核方的职业健康安全管理体系持续地符合职业健康安全管理体系审核标准、体系文件以及法律、法规和其他要求，确保持续有效地实现既定的职业健康安全管理方针和目标，并有效运行，从而确认能否继续持有和使用认证机构颁发的认证证书和认证标志。
(2)复评：获证单位在认证证书有效期届满时，应重新提出认证申请，认证机构受理后，重新对用人单位进行的审核称为复评。复评的目的是为了证实用人单位的职业健康安全管理体系持续满足职业健康安全管理体系审核标准的要求，且职业健康安全管理体系得到了很好的实施和保持。