对于不同的组织，由于其特性和原有基础的差异，建立体系的过程不会完全相同，但总体而言，组织建立职业健康安全管理体系一般采取如下步骤：
●领导决策
组织建立体系需要领导者的决策，特别是最高管理者的决策。只有在最高管理者认识到建立体系必要性的基础上，组织才有可能在其决策下开展这方面的工作。
此外，体系的建立需要资源的投入。这就需要最高管理者对改善组织的职业健康安全行为作出承诺，从而使得体系的实施和运行得到充足的资源。
●成立工作组
当组织的最高管理者作出建立体系的决策后，首先要从组织上落实和保证决策的贯彻实施。为此，组织通常需要成立一个工作组负责建立体系。工作组成员一般来自组织内部的各个部门，他们将成为组织今后体系运行的骨干力量。工作组组长最好是将来的管理者代表，或者是管理者代表之一。根据组织的规模、管理水平及人员素质，工作组的规模可大可小，其成员可专职或兼职，工作组可以是一个独立的机构，也可挂靠在某个部门。六西格玛品质论坛;
●人员培训
在工作组开展工作之前，工作组成员应接受有关体系的标准及相关知识的培训。同时，未来拟承担组织内部的体系审核工作职责的内部审核人员，也要进行相应的培训。六西格玛品质论坛2 U( R) D0 ?% c6 }
●初始状态评审
初始状态评审是建立体系的基础。组织可建立一个评审组承担初始状态评审工作。评审组可由组织的员工组成，也可聘请组织外部的咨询人员，或者两者兼而有之。评审组应对组织过去和现在的职业健康安全信息、状态进行收集、调查和分析，识别和获取现有的适用于组织的职业健康安全法规和其他要求，执行危险源辨识和风险评价。这些结果将作为建立和评审组织的职业健康安全方针、制定目标和职业健康安全管理方案、确定体系的优先项以及编制体系文件和建立体系的基础。
●体系策划与设计
体系策划阶段主要是依据初始状态评审的结论制定职业健康安全方针、目标和职业健康安全管理方案，确定组织的机构和职责，筹划各种运行程序等。
●体系文件编制
由于体系具有文件化管理的特征，编制体系文件是组织实施GB／T28001，建立并保持体系的重要基础工作，也是组织实现预定的职业健康安全目标，评价和改进体系，实现持续改进和风险控制必不可少的依据和见证。体系文件还需要在体系运行过程中定期、不定期的评审和修改，以确保其完善和持续有效。
●体系试运行
体系试运行与正式运行并无本质区别，两者都是按所建立的体系手册、程序文件和作业规程等的要求，整体协调运行。
体系试运行的主要目的是在实践中检验体系的充分性、适用性和有效性。在体系试运行过程中，组织应加强运行力度，努力发挥体系本身所具有的各项功能，及时发现问题，找出其根源，纠正不符合，并对体系加以修正，以便尽快渡过磨合期。
●内部审核
内部审核是体系运行必不可少的环节。体系经过一段时间的试运行，组织应当具备了检验体系是否符合GB／T28001要求的条件，应开展内部审核。管理者代表应亲自组织内部审核。内部审核员应经过专门知识的培训。如果需要，组织可聘请外部专家参与或主持审核。内部审核员在文件预审时，应重点关注和判断体系文件的完整性、符合性及一致性；在现场审核时，应重点关注体系功能的适用性和有效性，检查是否按体系文件要求去运作。
●管理评审
管理评审是体系整体运行的重要组成部分。管理者代表应收集各方面的信息供最高管理者评审。最高管理者应对试运行阶段的体系整体状态作出全面的评判，对体系的适用性、充分性和有效性作出评价。依据管理评审的结论，可以对是否需要调整、修改体系作出决定，也可以作出是否实施第三方认证的决定。