职业健康安全管理体系初次审核通常由第一阶段审核和第二阶段审核两个阶段组成（监督审核和复评不必两个阶段）。
第一阶段审核：
a.审核组长组织第一阶段审核组成员对受审核方职业健康安全管理体系文件进行评审。文件评审以GB/T28001标准及职业健康安全法律、法规为审核准则，并出具《文件审查报告》。如发现受审核方职业健康安全管理体系文件中的不符合，应及时通知受审核方纠正。
b.与申请组织的职业健康安全管理者代表交谈，了解体系运行以及遵守职业健康安全法律法规的情况；
c.查阅体系运行的有关记录；
d.现场调查组织的危害源及不可容许的风险；
e.在现场结束前，审核组长应与受审核方沟通，通报第一阶段审核结论，以发现问题汇总表的形式指出存在的问题，提出纠正的要求。
第二阶段审核：
a.进行现场审核前，首先召开有受审核方领导及有关人员参加的首次会议；
b.通过现场审核收集审核证据；
c.召开末次会议，宣布第二阶段审核结果，编写审核报告；
d.对审核中开具的不符合报告,，受审核方应根据要求进行纠正/采取纠正措施，自行验证有效后,提交审核组长验证（验证的方式有书面验证和现场验证两种）。验证合格后，审核组长应将审核报告及相关资料报HXQC审核部，审核部审查后，提交中心技术委员会评定，如评定通过，经中心主任批准后正式颁发认证证书。
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