钻井健康、安全与环境管理体系程序建立后，如何具体将其应用到实际生产活动中去，使其在实际生产活动中发挥其应有的作用，这也是健康、安全与环境管理体系建立的真正目的。
在钻井健康、安全与环境管理体系的实施过程中，由于体系中规定的方针、目标和表现准则、各组织机构的职责、程序和工作指南，以及应急计划都已经颁布，这就要求公司的各级管理人员和全体员工要严格遵照执行。
例如按照上述HSE管理机构图（图2），在公司HSE管理体系的实施过程中，“公司经理和公司HSE管理委员会主任”应遵照公司的健康、安全与环境方针制定战略目标和高层次活动计划，并对整修管理体系的运行提供资源的支持和保证；“钻井施工作业公司管理层”采用计划和工作程序的形式指导钻井HSE管理体系运行的各项活动；“现场HSE管理小组组长”（包括施工作业队经理、钻井队环保员等）按照已经颁布的HS胳项工作指南、操作手册完成具体工作任务。
由此看来，只有各层次各司其职、各负其责，在钻井活动中做到全员参与，同时对HSE表现进行有效监测，对HSE管理过程及时进行评审和审核，及时发现和纠正活动、任务或程序中存在的问题，才能确保健康、安全与环境管理体系的顺利实施，实现健康、安全与环境目标的持续发展。
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