1.领导决策
企业建立HSE管理体系需要领导者的决策，特别是最高管理者的决策。另外，建立HSE管理体系，要有资源投入，这需要最高管理者对改善企业的HSE行为做出承诺，使HSE管理体系的实施与运行得到充足资源。因此，管理者首先应该接受HSE管理体系培训，提高自身的HSE管理意识，从而结合本企业的经营和管理现状，为建立适合本企业的HSE管理体系提出合理决策。
2.成立工作组
当企业的最高管理者决定建立HSE管理体系后，首先要从组织上给予落实和保证，通常成立一个工作组。工作组的主要任务是建立HSE管理体系并负责其实施和运行，以实现持续改进企业HSE绩效的目标。有的企业的工作组在建立本企业HSE管理体系后，并未监督其实施和运行，从而导致HSE管理体系与实际管理工作脱节，使得HSE管理体系失去其持续改进的生命力。因此，我们强调工作组的任务不仅仅是建立，更重要的是负责实施和运行。工作组成员来自企业内部各个部门，对于炼化企业来说可以是各车间的安全负责人，这些成员将成为企业今后HSE管理体系运行骨干力量，工作组组长最好是将来的管理者代表。根据企业规模、管理水平及人员素质，工作组的规模可大可小，可专职可兼职，可以是一个独立的机构，也可挂靠在企业综合管理部门。
3.人员培训
有了领导层的高度支持和全体员工的积极参与，接下来就需要对各级管理者和工作组成员进行HSE管理体系标准及相关知识的培训，保证他们对体系理解和支持。同时，体系运行需要的内审员，也要进行相应的培训。
在培训过程中，各成员应就HSE要求和本企业现有的安全管理体系之间的相似点和存在的差距展开广泛的讨论研究，以便将本企业成功的管理方法合理地纳入到HSE管理体系中，同时参考对照HSE的要求，找出现有管理的盲区和不合理处，这样既能使建立的HSE管理体系更贴近的安全管理现状，从而有效发挥其先进性，又能为今后建立本企业HSE管理体系指明方向。
4.初始状态的评审
初始状态评审是对管理现状进行一次评估，是建立HSE管理体系的基础。为此，企业应建立一个评审组，评审组可由企业员工组成，也可外请咨询人员，或是两者兼而有之。在此建议评审组最好有本企业员工参加，这样既可以使得评审结果更符合企业实际，同进也可以使本企业员工能够熟悉评审过程和程序，方便今后进行定期的自我评审。评审组应对企业过去和现在的HSE信息、状态进行收集、调查与分析，识别和获取现有的适用于企业HSE的法律、法规和其他要求，进行危险源和环境因素的辨识及风险评价。这些结果将作为建立评审企业的HSE方针、制定HSE目标和HSE管理方案、确定体系的优先项、编制体系文件和建立体系的基础。
在初始状态的评审中，风险评价和风险控制显然是重中之重。因为建立和实施HSE管理体系的目的是控制HSE风险，持续改进HSE管理绩效；又体现在风险得以控制、事故减少、管理规范和员工意识不断提高等方面。所以企业如何进行危害识别和风险评价，如何对评价出的各种风险进行控制，就成为建立和实施HSE管理体系的关键。
在炼化企业中，各工艺生产装置、油品罐区、液化气罐区等关键部位是全厂生产技术和资金密集度最高、人员活动最集中的地方，也是各类危险集中频发、造成破坏损失最大的部位。对于这些关键部位，采取合理有效的危害识别，方法进行危险有害因素识别可以对预防事故、控制风险起到事半功倍的效果，同进也为实施HSE管理体系风险评价和控制提供依据。
开展危害识别应考虑以下问题：存在什么危害（危险源）；谁（什么）会受到伤害；伤害是怎么发生的。也可以反过来询问：谁（什么）会受到伤害；伤害是怎么发生的；存在什么危害（危险源）。危害识别的常用方法是：工作危害分析（JHA）、安全检查表分析（SGL）、预先危险性分析（PHA）、故障假设分析（WI）、危险与可操作性分析（HAZOP）、失效模式与效应分析（FMEA）。在以上方法中，通过比较以及实践，工作危害分析（JHA）、安全检查表分析（SGL）、预先危险性分析（PHA）以及危险与可操作性分析（HAZOP）比较适用于炼化企业厂部、车间使用。安全主管部门可以协同车间安全人员对各车间岗位进行工作危害分析（JHA），然后适合各车间的安全检查表以及通用检查表，使得基层技术人员也可以按照表格进行定期的安全检查。预先危险性分析和（PHA）比较适合新建和扩建项目和装置的危害识别，危险与可操作性分析（HAZOP）则需要技术部门同安全主管部门合作，进行定量的安全分析，适用于全厂安全状态评估。
有效的危害辨识实际上也决定采取何种措施进行风险控制。所以可以说危害识别是整个实施HSE管理体系的核心，是成功的实现企业HSE管理绩效的基础。
5.体系策划及设计
体系策划阶段，主要是依据初始状态评审的结论，制定企业的HSE方针和目标、指标及相应的运行程序等。按照HSE管理体系标准建立的HSE管理体系，实际上是企业实施HSE管理，改善企业的HSE行为，达到持续改进目的的一种新的运行机制。但不能完全脱离的原有管理基础，而是在标准的框架内，充分结合企业的原有管理基础，进而形成一个结构化的管理体系。
在我国，许多炼化企业都有较长的历史，各自形成了一套适合自己的安全管理模式，在此不是要求以HSE管理体系替代原有管理方式，而是将HSE的持续改进效果应用于现有管理，从而对企业的健康安全和环境状况进行优化。
6.HSE管理体系文件編制
HSE管理体系具有文件化管理的特征。編写体系文件是企业实施HSE管理体系标准，建立与保持HSE管理体系并保证其有效运行的重要基础工作，也是企业达到预定的HSE目标，评价与改进体系，实现持续改进和风险控制必不可少的依据和见证。体系文件还需要在体系运行过程中定期、不定期进行评审和修改，以保持它的完善和持续有效。
7.体系试运行
体系试运行与正式运行无本质区别，都是按照所建立的HSE管理体系手册、程序文件及作业规程等文件的要求，整体协调地运行。试运行的目的是在实践中检验体系的充分性、适用性和有效性。企业应加强运作力度，努力发挥体系本身的各项功能，及时发现题，并找出问题的根源，予以纠正，并对体系给予修订。
8.内部审核
内部审核是HSE管理体系运行必不可少的环节。体系经过一段时间的试运行，企业应当开展内部审核，检验HSE管理体系是否符合该体系标准的要求。HSE管理者代表应亲自进行企业内审，内审员应经过专门培训，企业还可以聘请外部专家参与或主持审核。内审员在文件预审时，应重点关注和判断体系文件的完整性、符合性及一致性；在现场审核时，检查是否按体系文件要求去运作。
9.管理评审
管理评审是HSE管理体系整体运行的重要组成部分。管理者代表应收集各方面的信息，供最高管理者评审。最高管理者应对试运行阶段的体系整体状态做出全面的评判，对体系的适用性、充分性和有效性做出评价。依据管理评审的结论，可以对是否需要调整、修改体系做出决定，也可以做出是否实施第三方认证的决定。