HSE管理体系审核的任务不是为了发现一些不符合，重要的是通过收集HSE管理体系实施的客观证据，来证实HSE管理体系是否符合标准要求，从总体上评价HSE管理体系的有效性和实施效果，以提供HSE管理体系审核的总体结论。
对一个组织的HSE管理体系的总体评价，可从体系实施的有效性和实施效果两方面进行。
1．体系有效性的评价
体系有效性的评价，可通过在审核过程中收集到的对重要危害因素有效控制的客观证据经归纳分析进行评价。体系有效性评价内容如下：
（1）体系能保证实现组织的承诺、方针和目标；
（2）对体系评价的重要危害因素能实施有效控制；
（3）通过体系的监测和测量、不符合纠正与预防、内审和管理评审等要素的实施形成了一套自我完善的机制；
（4）员工通过体系的建立与实施提高了HSE意识，并能够自觉地遵守与本岗位有关的程序或作业指导书。
2．体系实施效果的评价
企业建立和实施HSE体系，目的是根据企业的承诺与方针，改进其整体HSE绩效。因此，在HSE管理体系审核中，除了依据审核准则评价HSE管理体系本身外，还要注意运用收集到的管理体系实施成效的证据，来评价体系实施的效果。
审核员在审核中应着重就事故预防、污染防治、职业病防治、隐患整改、节能降耗方面以及通过企业的活动、产品或服务的改进带来的HSE成效等方面评价HSE绩效。
由于企业的性质和情况不同，上述HSE绩效不一定会在一个组织中同时产生。但通过HSE管理体系的运行，总会在某些方面产生一定的效果。因此，认真总结审核证据对上述HSE绩效作出评价，可以全面、客观地证明体系的有效性。