体系文件在试运行的过程中总是不可避免地要出现一些问题，实施HSE监督是保证体系正常运行的必要手段，实践是检验真理的唯一标准；这一方面要依靠全体员工的积极参与，员工应将实践中出现的偏离标准的现象及改进意见及时反映到有关部门，以便及时采取纠正预防措施。另一方面通过有组织、有计划的内部审核和管理评审发现和解决问题。
按照惯例，HSE管理体系试运行阶段至少要保持3个月以上，并且必须进行两次系统的内部审核和一次管理评审，方可申请体系认证。内部审核可以自我诊断和评审企业的HSE管理体系方面所取得的成效，还有那些需求和不足，因而是进一步改善体系有强有力手段。内部审核是检查与确认体系各要素的实施效果是否按照计划有效实现，并对体系的运行是否达到规定的目标所做的系统的、独立的检查和评价。在外部审核发现不符合项之前便能采取纠正行为，将有助于企业顺利通过第三方认证，内部审核对任何企业和部门都具必要性，也是管理体系标准的内在要求。
对体系试运行中暴露出来的问题，如体系设计不周、项目不全等问题进行协调，加以改进。纠正措施是否落实、是否有效等问题应该指定有关部门进行跟踪、监督和验证。管理评审是企业的最高管理者亲自主持的、对体系现状是否有效地适应企业承诺和方针要求，以及体系的运行环境出现变化后确定新目标是否继续适应等所作的综合评价。在式运行阶段，企业对其HSE管理体系进行管理评审，可以就体系内审结果、方针、目标贯彻落实情况，与体系文件的符合性和有效性进行评定，提出体系改进的措施。