生产经营单位安全文化的结构层次从无形到有形分为3个层次，即精神层、制度层和物质层（或叫器物层）。
精神层指生产经营单位的领导和从业人员共同信守的安全基本准则、信念、安全价值观和标准、人的安全行为规范、安全意识、安全态度、职业道德等，它是生产经营单位安全文化的核心和灵魂，是形成生产经营单位安全文化物质层和制度层的基础和原因。
制度层是生产经营单位安全文化的中间层次，主要是指对生产经营单位从业人员和生产经营单位组织安全行为产生规范性、约束性影响的部分，如安全生产责任制、安全检查制度、动火安全管理制度等，它主要规定了生产经营单位成员在共同的生产经营活动中所应当遵循的安全行为准则及风俗习惯。
物质层是生产经营单位安全文化的表层部分，是生产经营单位创造的器物文化，是精神层的载体，它往往能折射出生产经营单位的安全生产思想、安全管理哲学、工作作风和安全审美意识。